R语言 spkTools包 SpikeInExpressionSet-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SpikeInExpressionSet-class(spkTools)
SpikeInExpressionSet-class()所属R语言包：spkTools

                                         Class to Contain and Describe High-Throughput Expression Level Assays
                                         类来包含并说明高通量表达水平检测

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a class representation for spike-in expression data. SpikeInExpressionSet class is derived from ExpressionSet, and requires a matrix names exprs
这是穗中表达数据的类表示。 SpikeInExpressionSet类ExpressionSet派生，需要一个矩阵名exprs


延伸----------Extends----------

Extends class ExpressionSet.
扩展类ExpressionSet。


创建对象----------Creating Objects----------

createSpikeInExpressionSet(exprs, spikeIn, ...)
createSpikeInExpressionSet(exprs, spikeIn, ...)

new("SpikeInExpressionSet",     phenoData = new("AnnotatedDataFrame"),     featureData = new("AnnotatedDataFrame"),     experimentData = new("MIAME"),     annotation = character(0),     exprs = new("matrix"),     spikeIn = new("matrix"))     
new("SpikeInExpressionSet",     phenoData = new("AnnotatedDataFrame"),     featureData = new("AnnotatedDataFrame"),     experimentData = new("MIAME"),     annotation = character(0),     exprs = new("matrix"),     spikeIn = new("matrix"))   

This creates a SpikeInExpressionSet with assayData implicitly created to contain exprs and spikeIn. Additional named matrix arguments with the same dimensions as exprs are added to assayData; the row and column names of these additional matrices should match those of exprs and spikeIn.
这将创建一个SpikeInExpressionSet隐式创建包含assayData和exprs的spikeIn。额外的命名与相同尺寸的矩阵参数exprsassayData;这些额外的矩阵的行和列名应匹配exprs和spikeIn的。“

new("SpikeInExpressionSet",     assayData = assayDataNew(exprs=new("matrix"),spikeIn=new("matrix")),       phenoData = new("AnnotatedDataFrame"),     featureData = new("AnnotatedDataFrame"),     experimentData = new("MIAME"),     annotation = character(0),   
new("SpikeInExpressionSet",     assayData = assayDataNew(exprs=new("matrix"),spikeIn=new("matrix")),       phenoData = new("AnnotatedDataFrame"),     featureData = new("AnnotatedDataFrame"),     experimentData = new("MIAME"),     annotation = character(0),   

This creates a SpikeInExpressionSet with assayData provided explicitly. In this form, the only required named argument is assayData.
这创建与SpikeInExpressionSet提供了明确的assayData。在这种形式下，只需要命名参数是assayData。


插槽----------Slots----------

Inherited from ExpressionSet:
继承自ExpressionSet




assayData: Contains matrices with equal dimensions, and with column number equal to nrow(phenoData). assayData must contain a matrix exprs and a matrix spikeIn with rows representing
assayData：包含与同等尺寸的矩阵，列数等于nrow(phenoData)。 assayData必须包含代表行矩阵exprs“矩阵spikeIn




phenoData: See eSet
phenoData：见eSet




annotation See eSet
annotation见eSet




featureData See eSet
featureData见eSet




experimentData: See eSet
experimentData：见eSet


方法----------Methods----------

Class-specific methods:
类的具体方法：

spikeIn(SpikeInExpressionSet)<-</dt> Access and set elements
spikeIn(SpikeInExpressionSet)<-</ DT>访问和设置元素




spkSplit(SpikeInExpressionSet) creates two SpikeInExpressionSet objects &ndash; one with the spike-in probes and one with the non-spike-in
spkSplit(SpikeInExpressionSet)创建两个SpikeInExpressionSet对象 - 一个与穗探针和一个非尖峰

For derived methods (see ExpressionSet).
派生的方法（见ExpressionSet）。


参见----------See Also----------

eSet-class, ExpressionSet-class.
eSet-class，ExpressionSet-class。


举例----------Examples----------


# create an instance of SpikeInExpressionSet[创建的SpikeInExpressionSet实例]
new("SpikeInExpressionSet")

new("SpikeInExpressionSet", exprs=matrix(runif(1000), nrow=100), spikeIn=matrix(rep(1:10,100), nrow=100))

# class specific methods[一流的具体方法]
data(affy)
affySpikes <- spikeIn(affy)
affySplit <- spkSplit(affy)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。