R语言 snpStats包 snp.cor()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snp.cor(snpStats)
snp.cor()所属R语言包：snpStats

                                        Correlations with columns of a SnpMatrix
                                         与一个SnpMatrix的列的相关性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates Pearson correlation coefficients  between columns of a SnpMatrix and columns of an ordinary matrix. The two matrices must have the same number of rows. All valid pairs are used in the computation of each correlation coefficient.
此函数计算之间SnpMatrix和一个普通的矩阵列列的Pearson相关系数。两个矩阵必须具有相同的行数。使用所有有效的对各相关系数的计算。


用法----------Usage----------


snp.cor(x, y, uncertain = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An <VAR>N</VAR> by <VAR>M</VAR> SnpMatrix
一个<VAR>列印</功> <VAR> M </ VAR的>SnpMatrix


参数：y
An <VAR>N</VAR> by <VAR>P</VAR> general matrix
一个<VAR>列印</无功> <VAR>，P </无功>通用矩阵


参数：uncertain
If TRUE, uncertain genotypes are replaced by posterior expectations. Otherwise these are treated as missing values
如果TRUE，不确定的基因型被替换后的期望。否则，这些被视为遗漏值


Details

详情----------Details----------

This can be used together with xxt and eigen to calculate standardized loadings in the principal components
这可以用来连同xxt和eigen计算标准化负荷的主要组成部分


值----------Value----------

An  <VAR>M</VAR> by <VAR>P</VAR> matrix of correlation coefficients
一个<VAR> M“/无功>按<VAR>，P </无功>矩阵的相关系数


注意----------Note----------

This version cannot handle X chromosomes
此版本不能处理的X染色体


作者（S）----------Author(s)----------


David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

xxt
xxt


举例----------Examples----------


# make a SnpMatrix with a small number of rows[与少数的行1 SnpMatrix]
data(testdata)
small <- Autosomes[1:100,]
# Calculate the X.X-transpose matrix[计算X.X转置矩阵]
xx <- xxt(small, correct.for.missing=TRUE)
# Calculate the principal components[计算的主要组成部分]
pc <- eigen(xx, symmetric=TRUE)$vectors
# Calculate the loadings in first 10 components */[前10个组件的计算负荷* /]
loadings <- snp.cor(small, pc[,1:10])

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