R语言 snpStats包 read.beagle()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

read.beagle(snpStats)
read.beagle()所属R语言包：snpStats

                                         Read genotypes imputed by the BEAGLE program
                                         读取由比格尔程序归于基因型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The BEAGLE program generates, for each SNP and each subject,  posterior probabilities for the three genotypes. This function reads such data as a SnpMatrix object, storing the posterior probabilities to as much accuracy allowed by a one-byte coding
比格尔程序产生，每个SNP和每一个主题，三种基因型的后验概率。此功能SnpMatrix对象读取数据的后验概率，存储一个字节编码所允许的尽可能多的准确性


用法----------Usage----------


read.beagle(file, rownames=NULL, nsnp = NULL, header=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：file
The input file name. This file my be gzipped.  
输入文件名。这个文件我是用gzip压缩的。


参数：rownames
The row names (sample identifiers) for the matrix  
矩阵行的名称（示例标识符）


参数：nsnp
The number of SNPs to be read in. This corresponds with the number of lines in the input file. If not supplied, the function does a preliminary pass to determine the number of lines  
被读入输入文件中的行的数量与此对应的SNPs。如果没有提供的功能做了初步确定的行数通


参数：header
Set this TRUE if the file contains a header line (it won't for older versions of BEAGLE)  
设置此TRUE如果该文件包含一个头行（它将比格犬的旧版本）


Details

详情----------Details----------

In later versions of BEAGLE, row names are listed on a header line. However, if the rownames argument is supplied, this will take precedence over the header line. If there is no header line and no row names are supplied, names are generated as Sample1, Sample2 etc.
在以后的版本比格犬，行名，列标题行。但是，如果提供的rownames参数，这将优先在标题行。如果没有标题行，并没有提供行名，产生Sample1，Sample2等名称

No provision is made for data for the X chromosome. Such data must be first read as a SnpMatrix and subsequently coerced to an XSnpMatrix object
没有经费，用于在X染色体上的数据。这些数据，必须先读为SnpMatrix“，随后强迫XSnpMatrix对象


值----------Value----------

an object of class SnpMatrix
一个对象类SnpMatrix


作者（S）----------Author(s)----------


David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

SnpMatrix-class
SnpMatrix-class


举例----------Examples----------


##---- No example available yet[＃----还没有例子可]

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注：
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