R语言 snpStats包 impute.snps()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

impute.snps(snpStats)
impute.snps()所属R语言包：snpStats

                                        Impute snps
                                         意指单核苷酸多态性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given SNPs stored in an object of class "SnpMatrix" or "XSnpMatrix" and a set of imputation rules in an object of class "ImputationRules", this function calculates imputed values.
鉴于单核苷酸多态性在一个类的对象存储"SnpMatrix"或"XSnpMatrix"“的归责原则，在一个类的对象集"ImputationRules"，这个函数计算的估算值。


用法----------Usage----------


impute.snps(rules, snps, subset = NULL, as.numeric = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：rules
The imputation rules; an object of class "ImputationRules"
归责原则;一个对象类"ImputationRules"


参数：snps
The object of class "SnpMatrix" or "XSnpMatrix" containing the observed SNPs
类"SnpMatrix"或"XSnpMatrix"包含观察到的单核苷酸多态性的对象


参数：subset
A vector describing the subset of subjects to be used. If NULL (default), then use all subjects
一个矢量描述子集要使用的科目。如果NULL（默认），然后使用所有科目


参数：as.numeric
If TRUE, the output is a numeric matrix containing posterior expectations of the imputed SNPs. Otherwise the output matrix is of the same class as snps and contains uncertain genotype calls
如果TRUE，输出是一个数字矩阵估算个SNPs后的期望。否则，输出矩阵是同一类的snps包含不确定的基因型分型


值----------Value----------

A matrix with imputed SNPs as columns. The imputed values are the estimated expected values of each SNP when coded 0, 1 or 2.
一个为列矩阵估算的SNPs。的估算值估计预计每个SNP的值时，编码0，1或2。


作者（S）----------Author(s)----------


David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

snp.imputation
snp.imputation


举例----------Examples----------


# Remove 5 SNPs from a datset and derive imputation rules for them[从datset删除5个SNPs，并从中为他们的归责原则]
data(for.exercise)
sel <- c(20, 1000, 2000, 3000, 5000)
to.impute <- snps.10[,sel]
impute.from <- snps.10[,-sel]
pos.to <- snp.support$position[sel]
pos.fr <- snp.support$position[-sel]
imp <- snp.imputation(impute.from, to.impute, pos.fr, pos.to)
# Now calculate the imputed values[现在计算的估算值]
imputed <- impute.snps(imp, impute.from)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。