R语言 SMAP包 SMAPObservations()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SMAPObservations(SMAP)
SMAPObservations()所属R语言包：SMAP

                                        Constructor for "SMAPObservations" objects
                                         “SMAPObservations”对象的构造函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A constructor for SMAPObservations-class objects.
SMAPObservations-class对象的构造。


用法----------Usage----------


SMAPObservations(value, chromosome, startPosition, endPosition,
                 name=character(0),
                 reporterId=as.character(1:length(value)))



参数----------Arguments----------

参数：value
A vector of microarray intensity ratios (numeric).
芯片强度的比值（数字）的向量。


参数：chromosome
A vector of chromosome annotations (character).
向量的染色体注释（字符）。


参数：startPosition
A vector of start positions (numeric).
向量的起始位置（数字）。


参数：endPosition
A vector of end positions (numeric).
向量的结束位置（数字）。


参数：name
The name of the observation set (character).
观察组的名称（字符）。


参数：reporterId
A vector of observation identifiers, e.g., probe ids (character).
一个观察识别的向量，例如，IDS探针（字符）。


Details

详情----------Details----------

The vectors value, chromosome, startPosition, endPosition, and reporterId must be of equal length.
向量value，chromosome，startPosition，endPosition，reporterId必须是长度相等。


值----------Value----------

An object of class SMAPObservations-class.
对象类SMAPObservations-class。


作者（S）----------Author(s)----------


Robin Andersson, <a href="mailto:robin.andersson@lcb.uu.se">robin.andersson@lcb.uu.se</a>



参考文献----------References----------

Sandgren, J., Hvidsten, T. R., Diaz de Stahl, T., Dumanski, J. P., Komorowski, J., A Segmental Maximum A Posteriori Approach to Array-CGH Copy Number Profiling, submitted

参见----------See Also----------

smap, SMAPObservations-class, SMAPHMM-class
smap，SMAPObservations-class，SMAPHMM-class


举例----------Examples----------


## Load Glioblastoma multiforme data[＃加载多形性胶质母单元瘤数据]
data(GBM)
observations <- SMAPObservations(value=as.numeric(GBM[,2]),
                                 chromosome=as.character(GBM[,3]),
                                 startPosition=as.numeric(GBM[,4]),
                                 endPosition=as.numeric(GBM[,5]),
                                 name="G24460",
                                 reporterId=as.character(GBM[,1]))
## plot observations[＃图的意见]
plot(observations, ylim=c(0,2))
## plot subset of observations (chromosome 9)[＃积观测的子集（第9号染色体）]
ids <- which(chromosome(observations) == "9")
plot(observations[ids])

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