R语言 SLqPCR包 selectHKgenes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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selectHKgenes(SLqPCR)
selectHKgenes()所属R语言包：SLqPCR

                                         Selection of reference/housekeeping genes
                                         选择参考/管家基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function can be used to determine a set of reference/housekeeping (HK)  genes for gene expression experiments.
此功能可以用来确定一个参考/家政（香港）基因组的基因表达实验。


用法----------Usage----------


selectHKgenes(relData, method = "Vandesompele", minNrHK = 2, geneSymbol,
              trace = TRUE, na.rm = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：relData
matrix or data.frame containing relative expression values  
矩阵或数据框包含的相对表达值


参数：method
method to compute most stable genes  
最稳定的基因的方法来计算


参数：minNrHK
minimum number of HK genes that should be considered  
最低数量应被视为香港基因


参数：geneSymbol
gene symbols  
基因符号


参数：trace
logical, print additional information  
逻辑，打印的其他信息


参数：na.rm
a logical value indicating whether NA values should be stripped before the computation proceeds.   
一个逻辑值，指示是否NA值前应计算收益剥离。


Details

详情----------Details----------

This function can be used to determine a set of reference/housekeeping (HK) genes for gene expression experiments. The default method "Vandesompele" was proposed by Vandesompele et al. (2002).
此功能可以用来确定一个参考/家政（香港）基因组的基因表达实验。默认的方法"Vandesompele"提出由Vandesompele等。 （2002年）。

Currently, only the method by Vandesompele et al. (2002) is implemented.
目前，只有由Vandesompele等方法。 （2002年）实施。

Vandesompele et al. (2002) propose a cut-off value of 0.15 for the  pairwise variation. Below this value the inclusion of an additional housekeeping gene is not required.
vandesompele等人。 （2002）提出一个成对的变化为0.15的临界值。低于此值包含一个额外的看家基因并不是必需的。


值----------Value----------

If method = "Vandesompele" a list with the following components is returnd
如果是returnd method = "Vandesompele"以下组件列表


参数：ranking
ranking of genes from best to worst where the two most stable genes cannot be ranked  
基因的排名从最佳到最差的两个最稳定的基因不能被排名


参数：variation
pairwise variation during stepwise selection  
成对的变化过程中逐步选择


参数：meanM
average expression stability M  
平均表达稳定中号


作者（S）----------Author(s)----------


Dr. Matthias Kohl (SIRS-Lab GmbH) <a href="mailto:kohl@sirs-lab.com">kohl@sirs-lab.com</a>



参考文献----------References----------

normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging  of multiple internal control genes.  Genome Biology 2002. 3(7):research0034.1-0034.11. http://genomebiology.com/2002/3/7/research/0034/

举例----------Examples----------


data(vandesompele)
res.BM <- selectHKgenes(vandesompele[1:9,], method = "Vandesompele", geneSymbol = names(vandesompele), minNrHK = 2, trace = TRUE, na.rm = TRUE)

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