R语言 SLGI包 Atong()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Atong(SLGI)
Atong()所属R语言包：SLGI

                                        Systematic genetic analysis with ordered arrays of yeast deletion
                                         酵母缺失有序阵列系统的遗传分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Data from Tong et. al. (2004) buffering experiments using ordered arrays of yeast deletion design by Tong et. al. (2001).
从塘等数据。等。 （2004）用酵母等塘删除设计的有序阵列的缓冲试验。等。 （2001年）。


用法----------Usage----------


    data(Atong)
    data(tong2004raw)



格式----------Format----------

tong2004Raw is dataframe extracted from Table S1 of Tong et al. (2004) online supporting material.  We added an extra column, queryGene.sysName, which is the  systematic names of the query genes.
tong2004Rawdataframe提取表S1堂等。 （2004）网上辅助材料。我们增加了一个额外的列，queryGene.sysName，这是基因查询系统名称。




queryGene.geneName Column indicates the gene used as query in
queryGene.geneName列指示作为查询中使用的基因




Int.geneName Column indicates the gene identified as an
Int.geneName列表示作为一个确定的基因




Int.sysName Column indicates the systematic  name of the open
Int.sysName列表示开放的系统名称




Score An interaction scored three times in the three runs by visual inspection received a scored of 3. An interaction scored twice in the three in the runs by  visual inspection received a scored of 2. An interaction scored by the computer-based image analysis but not visual inspection received a scored of 1. For interactions that scored once in the three runs by visual inspection confirmation was attempted only for those genes pairs related functions. Such confirmed
得分交互得分在三奔跑的3倍，由目视检查，收到了3拿下。交互两次得分在三个运行目测收到了2拿下。交互得分由基于计算机图像分析，但没有目视检查，收到了1拿下。目视检查确认的相互作用，取得了三个运行一次尝试只对这些基因对相关的功能。如证实




RSA Column identifies an interaction that was confirmed by random
RSA列标识，是由随机确定的互动




Tetrad Column identifies an interaction confirmed by tetrad analysis.
四分列标识四分体分析证实互动。




SS Refers to synthetic sick interaction.
不锈钢是指以合成生病互动。




SL Refers to synthetic lethal interaction.
SL是指以合成致命的相互作用。




Functional.Role Column indicates the assigned GO functional annotation from their defined subset of annotations.All the
Functional.Role列指示分配从他们的，定义annotations.All的子集的功能注释




References Genetic Interactions that have been previously
参考先前已遗传相互作用




queryGene.sysName Column indicates the systematic (ORF) name of
queryGene.sysName列指示系统（ORF）的名称

Atong is a 132 by 1008 adjacency matrix of the systematic genetic  interactions identified between 132 query genes and the deletion gene set (Tong et al. 2001; see SGA for more details).  The row names correspond to the systematic (ORF) names for the 132 query genes. The column names correspond to the systematic (ORF) names of the 1011 reporter genes, which showed a synthetic lethal or synthetic sick  interaction with at least one query genes. Values are 0 or 1, with a 1 indicating the occurrence of the genetic interaction between the gene pairs.
Atong是2001年由1008系统确定的132查询基因删除基因组之间的遗传相互作用的邻接矩阵132（Tong等; SGA更多细节）。行名称对应系统（ORF），132查询基因的名称。列名对应的系统（ORF），1011记者基因，这表明至少有一个查询基因的一种人工合成的致死或合成生病互动的名字。值是0或1，用1表示对基因之间的遗传相互作用的发生。


源----------Source----------

Tong et al, Science. Vol.303, 2004.
观塘等，科学。 vol.303，2004年。


参考文献----------References----------

Science Vol.303, 2004.


参见----------See Also----------

SGA
SGA


举例----------Examples----------


data(Atong)
dim(Atong)

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注：
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