R语言 simpleaffy包 setQCEnvironment()函数中文帮助文档(中英文对照)

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setQCEnvironment(simpleaffy)
setQCEnvironment()所属R语言包：simpleaffy

                                         Establish the appropriate QC environment for the specified array
                                         指定数组建立适当的质量控制环境

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Affymetrix define a series of QC parameters for their arrays. Many of these rely on specific probeset that differ between arrays and are used to calculate things like 3'/5' ratios. See qc.affy for more details. These functions are used to set up the appropriate QC environment for the specified array. This is done by loading a configuration file, either from the packages data directory, or from the specified path. See the package vignette for details of the config file's syntax.
Affymetrix公司，他们的阵列定义了一系列的质量控制参数。其中有许多依靠具体probeset阵列之间的不同和被用来计算3/5的比例一样的东西的。看到qc.affy更多细节。这些函数用于指定数组设立适当的QC环境。这是通过加载配置文件，无论是从数据目录的包，或从指定的路径。请参阅配置文件的语法的详细信息，包小插曲。


用法----------Usage----------


setQCEnvironment(array,path=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：array
This should be the 'clean' cdf name of the array as generated by cleancdfname in the affy package.  
这应该是干净CDF的阵列的名称产生cleancdfname在affy包。


参数：path
Path to the file. By default, checks the package's own data directory - only needed if a defininition file is being specified manually, as described in the vignette.  
文件的路径。默认情况下，检查自己的数据包的目录 - 只需要，如果defininition文件被手动指定，描述中的小插曲。


Details

详情----------Details----------

The usual way to get the 'clean' cdfname is as follows: cleancdfname(cdfName(eset)), where eset is an AffyBatch object.
通常的方式，获得“干净”的cdfname如下：cleancdfname(cdfName(eset))，其中eset是AffyBatch对象。


值----------Value----------

none.
没有。


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>qc</code>

举例----------Examples----------


  setQCEnvironment("hgu133plus2cdf")
  setQCEnvironment(cleancdfname("HG-U133_Plus_2"))


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