R语言 simpleaffy包 plot.pairwise.comparison()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plot.pairwise.comparison(simpleaffy)
plot.pairwise.comparison()所属R语言包：simpleaffy

                                         Plots a PairComp object
                                         绘制PairComp对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Draws a scatter plot between means from a pairwise comparison. Colours according to PMA calls and identifies 'signficant' genes yielded by a filtering
从成对比较之间绘制的散点图。颜色根据PMA的要求和标识“signficant过滤产生的基因


用法----------Usage----------


plot.pairwise.comparison(x,y=NULL,labels=colnames(means(x)),showPMA=TRUE,type="scatter",...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A PairComp object  
一个PairComp对象


参数：y
A PairComp object  
一个PairComp对象


参数：labels
A list containing x and y axis labels  
含有X和Y轴标签列表


参数：showPMA
True if PMA calls are to be identified  
PMA的呼叫true，如果确定


参数：type
Can be 'scatter', 'ma' or 'volcano'  
可以是散，马或火山


参数：...
Additional arguments to plot  
额外的参数，绘制


Details

详情----------Details----------

Takes a PairComp object (as produced by pairwise.comparison and plots a scatter plot between the sample means. If PMA calls are present in the calls slot of the object then it uses them to colour the points. Present on all arrays: red; absent on all arrays: yellow; present in all some arrays; orange. In addition, if a second PairComp object is supplied, it identifies spots in that object, by drawing them as black circles. This allows, for example, the results of a pairwise.filter to be plotted on the same graph.
需要PairComp对象（pairwise.comparison和图生产样品之间的散点图意味着，如果PMA的检测对象的槽calls，然后使用他们的颜色点上存在所有阵列：红色;所有阵列上的缺席：黄色;目前在某些阵列;橙色此外，如果第二个PairComp对象提供的，它在该对象标识点绘制黑眼圈，这。例如，允许的话，pairwise.filter结果被绘制在同一张图上。

If type is 'scatter' does a simple scatter plot. If type is 'volcano' does a volcano plot. If type is 'ma' does an MA plot.
如果类型是“散”做一个简单的散点图。如果类型是“火山”火山图。如果类型是马主图。


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



参见----------See Also----------

pairwise.comparison pairwise.filter trad.scatter.plot
pairwise.comparisonpairwise.filtertrad.scatter.plot


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
    pc <- pairwise.comparison(eset.mas,group="group",members=c("a","b"),spots=eset)
    pf <- pairwise.filter(pc)
    plot(pc,pf)
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。