R语言 simpleaffy包 hmap.pc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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hmap.pc(simpleaffy)
hmap.pc()所属R语言包：simpleaffy

                                         Draw a heatmap from an PairComp object
                                         绘制从PairComp对象的热图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given either a PairComp object draw a heatmap.
鉴于任何一个PairComp对象绘制热图。


用法----------Usage----------


hmap.pc(x,eset,samples=rownames(pData(x)),scluster=standard.pearson,pcluster=standard.pearson,slabs,plabs,col="rbg",scale=T,spread=10,by.fc=F,gp=group(x),mbrs=members(x),show.legend=T,title=NULL,cex=0.1)



参数----------Arguments----------

参数：x
The PairComp object to get the probeset list (and other data) from
PairComp对象得到probeset列表（和其他数据）


参数：eset
The AffyBatch object containing expression data  
AffyBatch对象，其中包含表达数据


参数：samples
Which samples to plot – defaults to those used to calculate 'x', but can be any of the samples in eset  
这图样本 - 用于计算X的默认，但可以在任何样品ESET


参数：scluster
The function to use to cluster the samples by. Can also be a dendrogram object.  
该功能使用聚类样本。也可以是一个树状对象。


参数：pcluster
The function to use to cluster the probesets by. Can also be a dendrogram object.  
该功能使用到聚类中的probesets。也可以是一个树状对象。


参数：slabs
Labels for the sample axis  
样品轴的标签


参数：plabs
Labels for the probeset axis  
为probeset轴标签


参数：col
Vector of colour values to use (see below)  
媒介使用的颜色值（见下文）


参数：scale
Scale each gene's clouring based on standard deviation (See below)
缩放每个基因的clouring，基于标准偏差（见下文）


参数：spread
If the data is scaled, how many standard deviations (or fold changes) either way should we show. If no scaling, then does nothing  
如果数据缩放，我们应该显示多少个标准差（或倍数变化）无论哪种方式。如果不进行缩放，然后什么也不做


参数：by.fc
If the data is scaled, do it by fold change?  
如果数据缩放，做倍的变化呢？


参数：gp
The column in the expression set's pData object used to select the samples to plot. By default this is the one used to calculate x.  
列中表达组的pData所对象选择的样品图。默认情况下，这是一个用于计算x。


参数：mbrs
The members of the 'group' column that we wish to plot. By default these are the pair used to calculate x. If 'all' is supplied then all samples are used.
“本集团”栏，我们希望绘制的成员。默认情况下，这些都是用于计算x的一对。所有的如果，然后提供的所有样品。


参数：show.legend
Draw a scale on the graph and show the title if supplied
在图上画一个规模和显示标题（如果提供）


参数：title
The title of the graph
图的标题


参数：cex
Character expansion
字符扩展


Details

详情----------Details----------

Takes a PairComp object and an AffyBatch object and plots a heatmap. At its simplest, all that is required are these two objects. The function will then draw a heatmap, coloured red-black-green in increasing intensity, scaled for each gene based on standard deviation. The legend shows how these colours translate into intensity.
注意到PairComp对象和AffyBatch对象和绘制热图。简单地说，所有需要的是这两个对象。然后，该函数将绘制热图，着色强度的增加红黑绿的，基于标准偏差的每个基因缩放。图例说明这些颜色是如何转化为强度。

Col can be used to change the colouring. "bwr" specifies blue-white-red, "rbg" specifies red-black-green, and "ryw" specifies red-yellow-white. Alternatively, a vector of arbitrary colours can be supplied (try rainbow(21), for example).
COL可以用来改变的着色。 “沸水堆”，指定红，蓝白色的“RBG”指定红黑绿，和“ryw”指定红，黄，白。另外，一个任意颜色的向量可以提供的（尽量rainbow(21)，例如）。

Scaling is somewhat complex. If scale is TRUE, then each gene is coloured independently, on a scale based on its standard deviation. This is calculated as follows: 'group' supplies a column in the pData object of 'eset' that is used to collect samples together (generally as replicate groups). 'members' supplies the entries within this column that are to be used. (Unless specified, the function uses the same value for 'group' and 'members' used to calculate the PairComp object). The function uses these data to calculate the standard deviation for each probeset within each set of replicates, and then calculates the average sd for each gene. This is then used to scale the data so that each probeset is plotted on a scale that shows the number of standard deviations away from the mean it is for that sample. For more details on how all of this works see the website http://bioinf.picr.man.ac.uk/simpleaffy.
缩放是有点复杂。如果规模为TRUE，那么每一个基因是彩色的独立，其标准偏差为基础的规模。计算公式如下：“本集团”提供一列在“ESET”，用于收集样本（一般为复制组）PDATA对象。 “成员”提供要使用的条目在此列。 （除非特别指定，该函数使用的“组”和“成员”用于计算PairComp对象值相同）。函数使用这些数据来计算每个复制集内每个probeset的标准偏差，然后计算出每个基因的平均SD。然后使用缩放，使每个probeset远离它是该样品的平均标准偏差数的规模，显示绘制的数据。对于如何这个工程的所有网站http://bioinf.picr.man.ac.uk/simpleaffy的更多细节。

Alternatively, by setting by.fc to FALSE, scaling can be done simply in terms of fold-change, in which case, spread defines the maximum and minimum fold changes to show.
另外，通过设置by.fc为FALSE，缩放可以进行简单倍变化，在这种情况下，传播定义的最大和最小的倍数变化显示。


值----------Value----------

Returns an (invisible) list containing the dendrograms used for samples and probesets
返回（无形的）列表，其中包含样品和probesets使用的聚类


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



参见----------See Also----------

hmap.eset blue.white.red.cols standard.pearson
hmap.esetblue.white.red.colsstandard.pearson


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
    pc <- pairwise.comparison(eset.mas,group="group",members=c("a","b"),spots=eset)
    pf <- pairwise.filter(pc)
    hmap.pc(pf,eset.mas)
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。