R语言 siggenes包 siggenes2excel()函数中文帮助文档(中英文对照)

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siggenes2excel(siggenes)
siggenes2excel()所属R语言包：siggenes

                                        CSV file of a SAM or an EBAM object
                                         CSV文件的SAM或EBAM对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates a csv file for either a SAM or an EBAM object for the use in Excel. This csv file can contain  general information as the number of differentially expressed genes and the estimated FDR, and gene-specific information on the differentially expressed genes.
无论是SAM或EBAM对象在Excel中使用的生成csv文件。这个CSV文件可以包含一般信息的差异表达的基因数目和估计FDR，特定基因的差异表达基因信息。


用法----------Usage----------


sam2excel(object, delta, file, excel.version=1, n.digits = 3, what = "both", entrez = FALSE,
        chip = "", quote = FALSE)
        
ebam2excel(object, delta, file, excel.version=1, n.digits = 4, what = "both", entrez = FALSE,
        chip = "", quote = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
either a SAM or an EBAM object.
无论是SAM或EBAM对象。


参数：delta
a numerical value specifying the Delta value.
指定的Delta值的数值。


参数：file
character string naming the file in which the output should be stored. Must have the suffix ".csv".
字符串命名应存放在输出的文件。必须有后缀“。CSV”。


参数：excel.version
either 1 or 2. If excel.version=1 (default) a csv file for the use in an Excel version with American standard settings (sep="," and  dec=".") will be generated. If excel.version=2 a csv file for the European standard setting (sep=";" and dec=",") will be generated.
无论是1或2。如果excel.version=1（默认）为csv文件使用Excel版本在与美国的标准设置（sep=","和dec="."）将会产生。如果excel.version=2csv文件为欧洲标准设置（sep=";"和dec=","）将产生。


参数：n.digits
integer specifying the number of decimal places used in the output.
整数，指定在输出中使用的小数。


参数：what
either "both", "stats" or "genes". If "stats" general  information will be shown. If "genes" gene-specific information will be given.  If "both" both general and gene-specific information will be shown.
要么"both"，"stats"或"genes"。如果"stats"将会显示一般信息。如果"genes"基因的具体信息将被给予。如果"both"将会显示一般和特定基因的信息。


参数：entrez
logical indicating if both the Entrez links and the symbols of the genes will be added to the output.
逻辑表示的Entrez的联系和基因符号将被添加到输出。


参数：chip
character string naming the chip type used in this analysis. Must be specified as in the meta-data section of Bioconductor (e.g., "hgu133a" for the Affymetrix HG-U133A chip). Only needed if ll = TRUE.  If the argument data in sam(data, cl, ...) has been specified  by an ExpressionSet object chip need not to be specified.
在这种分析中使用的芯片类型字符串命名。必须指定为Bioconductor元数据部分（例如，"hgu133a"Affymetrix公司的HG-U133A芯片）。只需如果ll = TRUE。如果参数datasam(data, cl, ...)ExpressionSet对象chip不需要指定已指定。


参数：quote
logical indicating if character strings and factors should be surrounded by  double quotes. For details see write.table.
逻辑表明，如果应该由双引号包围字符串和因素。有关详情，请参阅write.table。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参见----------See Also----------

sam, sam2html, ebam, ebam2html
sam，sam2html，ebam，ebam2html

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。