plotArguments(siggenes)
plotArguments()所属R语言包：siggenes
Plot Arguments
图参数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Utility function for generating a plot of a SAM or an EBAM object in an html output.
产生一个SAM的图或在HTML输出EBAM对象的实用功能。
用法----------Usage----------
plotArguments(pos.stats = NULL, sig.col = 3, xlim = NULL, ylim = NULL,
main = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, pty = "s", lab = c(10, 10, 7),
pch = NULL, sig.cex = 1, stats.cex = 0.8, y.intersp = 1.3)
参数----------Arguments----------
参数：pos.stats
an integer between 0 and 2 for a SAM plot, and between 0 and 4 for an EBAM plot. See help.sam(plot) or help.ebam(plot), respectively, for how pos.stats can be specified, and for its default.
为SAM图0和2之间的整数，介于0和4为EBAM图。看到help.sam(plot)或help.ebam(plot)，分别为如何pos.stats可以指定，其默认。
参数：sig.col
a specification of the color of the significant genes. If sig.col has length 1, all the points corresponding to significant genes are marked in the color specified by sig.col. Only for a SAM plot: If length(sig.col) == 2, the down-regulated genes, i.e. the genes with negative expression score d, are marked in the color specified by sig.col[1], and the up-regulated genes, i.e. the genes with positive d, are marked in the color specified by sig.col[2]. For a description of how colors are specified, see par.
的重要基因的颜色规范。如果sig.col长度为1，所有点对应显着的基因标记在sig.col指定的颜色。只为一个SAM图：如果length(sig.col) == 2，下调的基因，即基因阴性表达得分d，sig.col[1]，和指定的颜色标记上调的基因，即基因与积极d，在指定的颜色标记sig.col[2]。对于如何指定颜色的描述，请参阅par。
参数：xlim
a numeric vector of length 2 specifying the x limits (minimum and maximum) of the plot.
数值向量的长度为2指定的X限制（最小和最大）的图。
参数：ylim
a numeric vector of length 2 specifying the y limits of the plot.
数字矢量长度为2指定的y限额的图。
参数：main
a character string naming the main title of the plot.
一个字符串，命名图的主标题。
参数：xlab
a character string naming the label of the x axis.
一个字符串，命名为X轴的标签。
参数：ylab
a character string naming the label of the y axis.
一个字符串，命名为y轴的标签。
参数：pty
a character specifying the type of plot region to be used. "s" (default for a SAM plot) generates a square plotting region, and "m" (default for an EBAM plot) the maximal plotting region.
图区域指定要使用的字符。 "s"（默认为SAM图）生成一个方形的绘图区域，"m"（默认为EBAM图）最大的绘图区域。
参数：lab
a numeric vector of length 3 specifying the approximate number of tickmarks on the x axis and on the y axis and the label size.
一个长度为3的数字向量指定tickmarks上的X轴和Y轴和标签的大小近似数。
参数：pch
either an integer specifying a symbol or a single character to be used as the default in plotting points. For a description of how pch can be specified, see par.
一个整数，指定一个符号或单个字符被用来作为策划点的默认。对于如何pch可以指定的说明，请参阅par。
参数：sig.cex
a numerical value giving the amount by which the symbols of the significant genes should be scaled relative to the default.
一个数值，使其中的重要基因符号应调整相对于默认的金额。
参数：stats.cex
the size of the statistics printed in the plot relative to the default size. Only available for an EBAM plot.
印中的图相对默认大小的统计数据的大小。仅提供为EBAM图。
参数：y.intersp
a numeric value specifying the space between the rows in which the statistics are plotted. Only available for an EBAM plot.
一个数值，指定在其中的统计数据绘制的行之间的空间。仅提供为EBAM图。
值----------Value----------
A list required by sam2html or ebam2html if addPlot = TRUE.
如果sam2htmlebam2html或addPlot = TRUE需要一个列表。
作者（S）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>
参见----------See Also----------
sam2html,ebam2html
sam2html，ebam2html
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发表于 2012-2-26 14:14:08
