R语言 siggenes包 limma2sam()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

limma2sam(siggenes)
limma2sam()所属R语言包：siggenes

                                        limma to SAM or EBAM
                                         limma到SAM或EBAM

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Transforms the output of an analysis with limma into a SAM or EBAM object, such that a SAM or EBAM analysis, respectively, can be performed using the test statistics provided by limma.
转换分析的输出limma到SAM或EBAM对象，例如，SAM或EBAM分析，分别可以使用测试limma提供的统计数据。


用法----------Usage----------


limma2sam(fit, coef, moderate = TRUE, sam.control = samControl())

limma2ebam(fit, coef, moderate = TRUE, delta = 0.9,
   ebam.control = ebamControl())



参数----------Arguments----------

参数：fit
an object of class MArrayLM, i.e.\ the output of the functions eBayes and lmFit from the limma package.
一个类的对象MArrayLM，即\输出功能eBayes和lmFitlimma包。


参数：coef
column number or name corresponding to the coefficient or contrast of interest. For details, see the argument coef of the function topTable in limma.
列的编号或名称对应的系数或利益相反。有关详细信息，请参阅参数coef函数topTablelimma。


参数：moderate
should the limma t-statistic be considered? If FALSE, the ordinary t-statistic is used in the trasnsformation to a SAM or EBAM object. If TRUE, it is expected that fit is the output of eBayes. Otherwise, fit can be the result of lmFit or eBayes.
limmat-统计量应被视为？如果FALSE，普通的t-统计在trasnsformation使用SAM或EBAM对象。如果TRUE，预计fiteBayes的输出。否则，fit能lmFit或eBayes的结果。


参数：sam.control
further arguments for the SAM analysis. See samControl for these arguments, which should only be changed if they are fully understood.
进一步的SAM分析参数。看到samControl这些参数，它应该只被改变，如果他们有充分的了解。


参数：delta
the minimum posterior probability for a gene to be called differentially expressed (or more generally, for a variable to be called significant) in an EBAM analysis. For details, see ebam. Please note that the meaning of  delta differs substantially between sam and ebam
被称为一个基因的最小后验概率差异表达在EBAM分析（或更普遍的，一个被称为显着的变量）。有关详细信息，请参阅ebam。请注意，delta意义sam和ebam之间相差的


参数：ebam.control
further arguments for an EBAM analysis. See ebamControl for these arguments, which should only be changed if their meaning is fully understood.
进一步论据为EBAM分析。看到ebamControl这些参数，它应该只被改变，如果充分理解其含义。


值----------Value----------

An object of class SAM or EBAM.
一个对象类SAM或EBAM。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>



参考文献----------References----------

of a Microarray Experiment. JASA, 96, 1151-1160.
Expression in Microarray Experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 3(1), Article 3.     
Applied to the Ionizing Radiation Response. PNAS, 98, 5116-5121.

参见----------See Also----------

sam, ebam, SAM-class, EBAM-class,
sam，ebam，SAM-class，EBAM-class

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