R语言 ShortRead包 RtaIntensity()函数中文帮助文档(中英文对照)

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RtaIntensity(ShortRead)
RtaIntensity()所属R语言包：ShortRead

                                        Construct objects of class "RtaIntensity"
                                         构建类“RtaIntensity”的对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

RtaIntensity objects contain Illumina image intensity measures created by the RTA pipeline. It will often be more convenient to create this object using readIntensities.
RtaIntensity对象包含由RTA管道Illumina的图像强度创建措施。它往往会更方便使用readIntensities创建此对象。


用法----------Usage----------


RtaIntensity(intensity=array(0, c(0, 0, 0)),
             measurementError=array(0, c(0, 0, 0)),
             readInfo=SolexaIntensityInfo(
               lane=integer()[seq_len(nrow(intensity))]),
             ...)



参数----------Arguments----------

参数：intensity
A matrix of image intensity values. Successive columns correspond to nucleotides A, C, G, T; four successive columns correspond to each cycle. Typically, derived from "_int.txt" files.
图像亮度值的矩阵。连续列对应的核苷酸的一个，C，G，T，连续四次列对应每个周期。通常情况下，派生从"_int.txt"文件。


参数：measurementError
As intensity, but measuring standard error. Usually derived from "_nse.txt" files.
intensity，但测量的标准误差。通常来自"_nse.txt"文件。


参数：readInfo
An object of class AnnotatedDataFrame, containing information described by RtaIntensityInfo.
一个类的对象AnnotatedDataFrame，包含RtaIntensityInfo描述的信息。


参数：...
Additional arguments, not currently used.
额外的参数，而不是目前使用的。


值----------Value----------

An object of class RtaIntensity.
对象类RtaIntensity。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>



参见----------See Also----------

RtaIntensity,
RtaIntensity


举例----------Examples----------


rta <- RtaIntensity(array(runif(60), c(5,4,3)))
intensity(rta)
## subsetting, access, and coercion[＃子集，访问和胁迫]
as(intensity(rta)[1:2,,], "array")

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注：
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