R语言 ShortRead包 report()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

report(ShortRead)
report()所属R语言包：ShortRead

                                        Summarize quality assessment results into a report
                                         总结成报告的质量评估结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This generic function summarizes results from evaluation of qa into a report. Available report formats vary depending on the data analysed.
这个泛型函数从qa评价结果汇总成一份报告。可用的报告格式各不相同，根据分析数据。


用法----------Usage----------


report(x, ..., dest=tempfile(), type="html")
report_html(x, dest, type, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object returned by qa, usually derived from class .QA
返回的对象qa，通常派生类.QA


参数：...
Additional arguments used by specific methods.  All methods with type="html" support the argument cssFile, which is a named, length 1 character vector. The value is a path to a CSS file to be incorporated into the report (e.g., system.file("template", "QA.css",     package="ShortRead")). The name of cssFile is the name of the CSS file as seen by the html report (e.g., “QA.css”).  See specific methods for details on additional ... arguments.
具体方法使用额外的参数。所有以type="html"方法支持参数cssFile，这是一个命名的，长度为1的特征向量。该值是一个被纳入报告（例如，system.file("template", "QA.css",     package="ShortRead")）一个CSS文件的路径。 cssFile名称HTML报告（例如，“QA.css”）看到的是CSS文件的名称。额外的...参数的详细信息，请参见具体方法。


参数：dest
The output destination for the final report. For type="html" this is a directory; for (deprecated) type="pdf" this is a file.
最终报告的输出目的地。 type="html"这是一个目录;（已过时）type="pdf"这是一个文件。


参数：type
A text string defining the type of report; available report types depend on the type of object x; usually this is “html”.
定义的文本字符串类型的报告;可用的报告类型的对象的类型取决于x，通常这是“HTML”。


Details

详情----------Details----------

report_html is meant for use by package authors wishing to add methods for creating HTML reports; users should always invoke report.
report_html是包希望添加的方法，创建HTML报告的作者使用，用户应始终调用report。

The following methods are defined:
下列方法定义：

Produce an HTML-based report from an object of class
从一个类的对象产生一个基于HTML的报告

Produce an HTML-based report from an object of class
从一个类的对象产生一个基于HTML的报告

Produce an HTML-based report from an object of class
从一个类的对象产生一个基于HTML的报告

Produce an HTML-based report from an object of class
从一个类的对象产生一个基于HTML的报告

Produce an HTML-based report from an object of class
从一个类的对象产生一个基于HTML的报告

(Deprecated) Produce an PDF report from an object of class
（已过时）产生PDF报告，从一个类的对象

Produce an HTML report by first visiting all _export.txt files in the analysisPath directory of x to create a
首先在_export.txt创建目录analysisPath访问所有x文件，产生一个HTML报告

(Deprecated) Produce an PDF report by first visiting all _export.txt files in the analysisPath directory of
（已过时）产生PDF报告，首先访问_export.txt目录的所有analysisPath文件

</dt> This method is used internally
</ DT>此方法内部使用


值----------Value----------

This function is invoked for its side effect;  the return value is the name of the directory or file where the report was created.
这个函数被调用它的副作用;返回值是创建报告的目录或文件的名称。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan &lt;mtmorgan@fhcrc.org&gt;



参见----------See Also----------

SolexaExportQA
SolexaExportQA


举例----------Examples----------


showMethods("report")

## default CSS file[＃默认的CSS文件]
cssFile <- c(QA.css=system.file("template", "QA.css",
                                package="ShortRead"))
noquote(readLines(cssFile))

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