R语言 ShortRead包 AlignedRead()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AlignedRead(ShortRead)
AlignedRead()所属R语言包：ShortRead

                                        Construct objects of class "AlignedRead"
                                         构建类“AlignedRead”的对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function constructs objects of AlignedRead. It will often be more convenient to create AlignedRead objects using parsers such as readAligned.
这个函数构造对象AlignedRead。它往往会更方便地创建AlignedRead对象使用分析器，如readAligned。


用法----------Usage----------


AlignedRead(sread, id, quality, chromosome, position, strand,
            alignQuality,
            alignData = AlignedDataFrame(nrow = length(sread)))



参数----------Arguments----------

参数：sread
An object of class DNAStringSet, containing the DNA sequences of the short reads.
一个类的对象DNAStringSet，包含短的DNA序列读取。


参数：id
An object of class BStringSet, containing the identifiers of the short reads. This object is the same length as sread.
一个类的对象BStringSet，包含短标识符读取。此对象是相同的长度为sread。


参数：quality
An object of class BStringSet, containing the ASCII-encoded quality scores of the short reads. This object is the same length as sread.
一个类的对象BStringSet，包含ASCII编码的质量分数短读取。此对象是相同的长度为sread。


参数：chromosome
A factor describing the particular sequence within a set of target sequences (e.g. chromosomes in a genome assembly) to which each short read aligns.
一个factor描述在一组靶序列（如染色体在基因组组装），每个短读对齐特定的顺序。


参数：position
A integer vector describing the (base pair) position at which each short read begins its alignment.
一个integer矢量描述每个短读开始对齐（碱基对）的位置。


参数：strand
A factor describing the strand to which the short read aligns.
一个factor描述链的短读对齐。


参数：alignQuality
A numeric vector describing the alignment quality.
一个numeric矢量描述的对齐质量。


参数：alignData
An AlignedDataFrame with number of rows equal to the length of sread, containing additional information about alignments.
AlignedDataFrame的长度等于行包含有关路线的其他信息，sread。


值----------Value----------

An object of class AlignedRead.
对象类AlignedRead。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>



参见----------See Also----------

AlignedRead.
AlignedRead。

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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