edgeProp(ScISI)
edgeProp()所属R语言包:ScISI
A function to estimate the edge proportion of a y2h induced graph
估计一个Y2H诱导图的边缘比例函数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function first creates the Y2H symmetric adjacency matrix on a protein complex (as we ignore directionality). Then it calculates an estimate for the proportion of edges the complex might have with high probability (if the sampling is unbaised and without error). In addition to this statistic, it also generates an instance of graph, specifically a graphNEL, on the adjcency matrix.
这个函数首先创建一个蛋白复合物的Y2H对称邻接矩阵(因为我们忽略了方向性)。然后计算估计边的比例可能有复杂的抽样是无偏,如果没有错误的概率高()。在此统计此外,它还会生成一个图表的实例,特别是一个graphNEL,上adjcency矩阵。
用法----------Usage----------
edgeProp(comp, compB2P, sampled)
参数----------Arguments----------
参数:comp
A character vector of the constitutent members of the protein complex of interest
一个特征向量的蛋白质复合体的利益constitutent成员
参数:compB2P
A named list; the names correspond to constituent proteins used as baits and the entries are the found hits (prey)
命名的列表的名称相对应的组成蛋白作为诱饵和条目的命中(猎物)
参数:sampled
A character vector of constituent members used as baits
用来作为诱饵的组成成员的特征向量
值----------Value----------
参数:eProp
The estimated edge proportion of the complex
估计的复杂边缘的比例
参数:y2hGraph
A graphNEL instance of graph
的图graphNEL实例
作者(S)----------Author(s)----------
T Chiang
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注:
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