R语言 SBMLR包 simulate()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

simulate(SBMLR)
simulate()所属R语言包：SBMLR

                                         Simulate a model of class SBML
                                         一类SBML模拟模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function simulates a model given the report times and optional modulators. It uses lsoda of the odesolve package.
此功能模拟报告的时间和可选调制器的模型。它的odesolve包lsoda。


用法----------Usage----------


simulate(model, times, modulator=NULL,X0=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：model
The model object to be simulated. Initial conditions are passed through this object.
模拟模型对象。初始条件，通过这个对象。


参数：times
The sequence of time points to be sampled and provided as rows of the output matrix.
时间序列点进行采样和输出矩阵的行提供。


参数：modulator
Null if there are no modulators (default),  a vector of numbers if there are steady state Vmax modulators,   and a list of interpolating functions if there are time course Vmax modulators.  
空，如果有没有调制器（默认），一个数字的向量，如果有稳定的状态的Vmax调制器和插值函数的列表，如果有时间当然的Vmax调制。


参数：X0
Override model initial conditions in simulations, particularly piece-wise perturbation simulations.  
覆盖模型模拟，尤其是件明智的扰动模拟的初始条件。


参数：...
For compatibility with simulate of the stats package.
simulate的统计包的兼容性。


Details

详情----------Details----------

This is a wrapper for lsoda.
这是一个lsoda包装。


值----------Value----------

The data frame output that comes out of lsoda.
数据框输出出来lsoda的。


注意----------Note----------

Rules are implemented through time varying boundary conditions updated at each time point
实施规则通过随时间变化的边界条件，在每个时间点更新


作者（S）----------Author(s)----------


Tom Radivoyevitch



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


##---- The following example performs a perturbation in PRPP from 5 to 50 uM in Curto et al.'s model.[＃----下面的例子执行在PRPP从Curto等人的模型中的5至50微米的扰动。]
library(SBMLR)
library(odesolve)
curto=readSBML(file.path(system.file(package="SBMLR"), "models/curto.xml"))  
out1=simulate(curto,seq(-20,0,1))
curto$species$PRPP$ic=50
out2=simulate(curto,0:70)
outs=data.frame(rbind(out1,out2))
attach(outs)
par(mfrow=c(2,1))
plot(time,IMP,type="l")
plot(time,HX,type="l")
par(mfrow=c(1,1))
detach(outs)

# which should be the same plots as [这应该是一样的图]
curto=readSBMLR(file.path(system.file(package="SBMLR"), "models/curto.r"))  
out1=simulate(curto,seq(-20,0,1))
curto$species$PRPP$ic=50
out2=simulate(curto,0:70)
outs=data.frame(rbind(out1,out2))
attach(outs)
par(mfrow=c(2,1))
plot(time,IMP,type="l")
plot(time,HX,type="l")
par(mfrow=c(1,1))
detach(outs)

##---- The following example uses fderiv to generate Morrison's folate system response to 1uM MTX [＃----下面的例子使用fderiv产生Morrison的的叶酸系统响应1um的甲氨蝶呤]

morr=readSBMLR(file.path(system.file(package="SBMLR"), "models/morrison.r"))  
out1=simulate(morr,seq(-20,0,1))
morr$species$EMTX$ic=1
out2=simulate(morr,0:30)
outs=data.frame(rbind(out1,out2))
attach(outs)
par(mfrow=c(3,4))
plot(time,FH2b,type="l",xlab="Hours")
plot(time,FH2f,type="l",xlab="Hours")
plot(time,DHFRf,type="l",xlab="Hours")
plot(time,DHFRtot,type="l",xlab="Hours")
plot(time,CHOFH4,type="l",xlab="Hours")
plot(time,FH4,type="l",xlab="Hours")
plot(time,CH2FH4,type="l",xlab="Hours")
plot(time,CH3FH4,type="l",xlab="Hours")
plot(time,AICARsyn,type="l",xlab="Hours")
plot(time,MTR,type="l",xlab="Hours")
plot(time,TYMS,type="l",xlab="Hours")
#plot(time,EMTX,type="l",xlab="Hours")[图（时间，EMTX，类型=“L”，XLab中=“小时”）]
plot(time,DHFReductase,type="l",xlab="Hours")
par(mfrow=c(1,1))
detach(outs)
morr$species$EMTX$ic=0

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