R语言 SAGx包 GSEA.mean.t()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

GSEA.mean.t(SAGx)
GSEA.mean.t()所属R语言包：SAGx

                                        Gene Set Enrichment Analysis using output from samroc
                                         基因组富集分析使用从samroc输出

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Based on a list of gene sets, e.g. pathways, in terms Affymtrix identifiers, these sets are ranked with respect to regulation as measured by an effect in a linear model using the SAM statistic. Typical
基于一个基因组，例如列表途径，在条件Affymtrix标识符，这些套排名有关规定使用SAM的统计线性模型的效果来衡量的。典型


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：samroc
an object of class samroc.result
一个类samroc.result的对象


参数：probeset
the Affymetrix identifiers
Affymetrix公司标识


参数：pway
a list of pathways or gene sets
途径或基因组的列表


参数：type
if "absolute" value of the absolute value of the samroc test statistic is used. If "original" no transformation. "maxmean" not available.
如果用“绝对价值”的的samroc检验统计量的绝对值。如果“原始”没有改造。 “maxmean”不可用。


参数：two.side
if TRUE a two-sided test is performed. Currently only two-sided test when type = "original" and else one-sided
如果为TRUE的双面测试。目前只有两个片面的测试类型=“正本”和其他片面


参数：cutoff
Gene sets with the number of members not falling within the interval given by cutoff are excluded
成员由截止给定的时间间隔内没有下降的数量基因组被排除


参数：restand
if TRUE a 'restandardization' following Efron and Tibshirani (2006) is performed
如果为TRUE重新标准化的下列埃弗龙和Tibshirani（2006）执行


Details

详情----------Details----------

Restandardization based on Efron and Tibshirani (2006) introduced. For normal approximation of the gene set statistic  both the mean of the statstic, or the variance (and likewise for the Wilcoxon statistic), are obtained from the permutation distribution included in the samroc.result object.
基于埃弗龙和Tibshirani（2006年）重新标准化介绍。无论是平均的statstic，或方差（同样秩统计）正常的基因组统计逼近，得到了来自包括在samroc.result对象的排列分布。


值----------Value----------

A matrix with columns normal approximation p-values, mean statistic, median statistic, and if type = "original", also
如果类型=“原始”，也列正常逼近P-值，平均统计，中位数统计，矩阵


作者（S）----------Author(s)----------


Per Broberg



参考文献----------References----------

(2005) Discovering statistically significant pathways in expression profiling studies, PNAS Vol. 102, nr. 38, pp. 13544-13549

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。