Fstat(SAGx)
Fstat()所属R语言包：SAGx
Calculation of F statistic by gene given a linear model
通过基因线性模型的F统计量的计算
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculates F statistic.
计算F统计量。
用法----------Usage----------
Fstat(indata = M, formula1 = ~as.factor(g), formula0 = "mean", design1 = NULL, design0 = NULL, B = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：indata
The data matrix
数据矩阵
参数：formula1
a formula descibing the alternative linear model
公式descibing替代线性模型
参数：formula0
a formula describing the nullmodel. Use linear models syntax, except for one-way ANOVA ("mean")
一个公式描述的nullmodel的。除了单向ANOVA使用线性模型，语法（“等于”）
参数：design1
the alternaive design matrix. If not NULL it overrides the formula argument
alternaive设计矩阵。如果不为NULL，它覆盖的公式参数
参数：design0
the null design matrix. If not NULL it overrides the formula argument
空设计矩阵。如果不为NULL，它覆盖的公式参数
参数：B
the number of bootstrap replicates
引导数量复制
值----------Value----------
A list with the components
组件列表
参数：Fstat
the value of the F statistic
F统计值
参数：fnum
the numerator degrees of freedom
自由分子度
参数：fdenom
the denominator degrees og freedom
分母度OG自由
参数：design1
the alternative design matrix
替代设计矩阵
参数：design0
the null design matrix
空设计矩阵
参数：SS1
the sum of squares in the denominator of the F-statistic
在F-统计的分母的平方和
参数：SS0
the sum of squares in the numerator of the F-statistic
在平方和F-统计的分子
参数：pvalue
the p-value for testing the alternative vs the null model
测试替代VS空模型的p值
作者（S）----------Author(s)----------
Per Broberg
举例----------Examples----------
## Annette Dobson (1990) "An Introduction to Generalized Linear Models". [＃吕秀莲多布森（1990）“广义线性模型简介”。]
## Page 9: Plant Weight Data. [＃9：植物重量数据。]
ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2,10,20, labels=c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
anova(lm.D9 <- lm(weight ~ group))
# Analysis of Variance Table[的方差分析表]
# Response: weight[回应：重量]
# Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)[DF总和平方平均平方F值PR（> F）]
#group 1 0.6882 0.6882 1.4191 0.249[第1组0.6882 0.6882 1.4191 0.249]
#Residuals 18 8.7292 0.4850 [残值18 8.7292 0.4850]
Fstat(indata = rbind(weight,weight),formula1=~group) # Fstat will need at least two genes to work with #[，FSTAT将至少需要两个基因与＃]
#$Fstat[美元FSTAT]
# weight weight [重量重量]
#1.419101 1.419101 [1.419101 1.419101]
#$fnum[美元fnum]
#[1] 18[[1] 18]
#$fdenom[美元fdenom]
#[1] 1[[1] 1]
#$design1[美元DESIGN1]
# (Intercept) groupTrt[（拦截）groupTrt“]
#1 1 0[1 1 0]
#2 1 0[2 1 0]
#3 1 0[3 1 0]
#4 1 0[4 1 0]
#5 1 0[5 1 0]
#6 1 0[6 1 0]
#7 1 0[7 1 0]
#8 1 0[8 1 0]
#9 1 0[9 1 0]
#10 1 0[10 1 0]
#11 1 1[11 1 1]
#12 1 1[12 1 1]
#13 1 1[13 1 1]
#14 1 1[14 1 1]
#15 1 1[15 1 1]
#16 1 1[16 1 1]
#17 1 1[17 1 1]
#18 1 1[18 1 1]
#19 1 1[19 1 1]
#20 1 1[20 1 1]
#attr(,"assign")[的attr（“分配”）]
#[1] 0 1[[1] 0 1]
# $design0[$设计]
# NULL[为NULL]
# $SS1[$高中]
# weight weight [重量重量]
#8.72925 8.72925 [8.72925 8.72925]
#$SS0[美元SS0]
# weight weight [重量重量]
#0.688205 0.688205 [0.688205 0.688205]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-26 13:47:05
