R语言 RTopper包 gseResultsSep()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gseResultsSep(RTopper)
gseResultsSep()所属R语言包：RTopper

                                         A list of separated gene set enrichment p-values to be used to run the examples in the RTopper package
                                         分离基因组浓缩p值被用来运行例子在RTopper包列表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A list containing distinct named numeric vectors corresponding to the gene set enrichment p-value separately computed with runBatchGSE for each distinct data set. Note that for each data set there are two set of p-values, one for GO and one for KEGG. These separate p-values can be combined across data sets by the combineGSE function. Can be used as input to adjustPvalGSE.
一个list含有不同的命名numeric向量相应的基因组富集的P-值分别计算runBatchGSE为每个不同的数据集。请注意，对于每个数据集有两个组的p值，走一KEGG之一。这些独立的p-值可以结合跨数据集combineGSE功能。可以作为输入adjustPvalGSE。


用法----------Usage----------


data(gseResultsSep)



格式----------Format----------

This object is a list of length four:
这个对象是一个list的长度为4：

"dat.affy": a list of legnth two: "go" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 GO terms on Affymetrix gene expression data; "keg" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 KEGG pathways on Affymetrix gene expression data;
"dat.affy"：2 legnth list的："go"向量长度为5 numeric，含P-值从5富集基因组分析结果走在Affymetrix基因表达数据;"keg"是numeric长度为5的向量，含有的P-值从5 KEGG通路Affymetrix的基因表达数据的基因组富集分析;

"dat.agilent": a list of legnth two: "go" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 GO terms on Agilent gene expression data; "keg" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 KEGG pathways on Agilent gene expression data;
"dat.agilent"：2 legnth list的："go"向量长度为5 numeric，含P-值从5富集基因组分析结果对安捷伦的条款基因表达数据;"keg"是numeric长度为5的向量，含有的P-值从5 KEGG通路安捷伦基因表达数据的基因组富集分析;

"dat.cnvHarvard": a list of legnth two: "go" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 GO terms on Harvard CNV data; "keg" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 KEGG pathways on Harvard CNV data;
"dat.cnvHarvard"：2 legnth list的："go"向量长度为5 numeric，含P-值从5富集基因组分析结果去了哈佛CNV的数据;"keg"是numeric向量长度为5，含5 KEGG对哈佛CNV的数据的途径，从基因组富集分析，p值;

"dat.cnvMskcc": a list of legnth two: "go" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 GO terms on MSKCC CNV data; "keg" is a numeric vector of length 5, containing the p-values resulting from gene set enrichment analysis of 5 KEGG pathways on MSKCC CNV data;
"dat.cnvMskcc"：2 legnth list的："go"向量长度为5 numeric，含P-值从5富集基因组分析上MSKCC条款CNV的数据;"keg"是numeric长度为5的向量，含有的P-值从5 MSKCC CNV的数据KEGG通路的基因组富集分析;


源----------Source----------

Computed using the runBatchGSE function from the TCGA data contained in sepScores and fgsList.
电脑使用runBatchGSE函数从sepScores和fgsList载的TCGA数据。


举例----------Examples----------


data(gseResultsSep)
class(gseResultsSep)
names(gseResultsSep)
str(gseResultsSep)

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