R语言 RTopper包 convertToDr()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

convertToDr(RTopper)
convertToDr()所属R语言包：RTopper

                                        Converts genomic data to a list suitable for computing
                                         基因组数据转换到适合用于计算列表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

convertToDr converts genomic data into a list further
convertToDr转换成一个列表进一步的基因组数据


用法----------Usage----------


convertToDr(dataIntersection, response, nPlatforms = length(data))



参数----------Arguments----------

参数：dataIntersection
a list of data.frames containing genomic measurements. Each element of dataIntersection must account for the same set of patients(columns) and genes (rows)
含基因组测量data.frames。每个dataIntersection元素必须考虑相同的一组患者（列）和基因（行）


参数：response
a data.frame indicating patients' phenotypic class
数据框，说明患者的表型类


参数：nPlatforms
numeric, the number of genomic platforms
数字，数量的基因组平台


Details

详情----------Details----------

This function coverts a list of data.frames containing distinct genomic measurtements performed on the same patients into a gene-centered used in further analyses for computing gene-to-phenotype scores. Data.frame in the input list (dataIntersection) must have the same dimentions, with columns being patients, and rows being genes. Column names identify the patients, while rownames identify the genes. The argument response is used to pass phenotypic information about samples to be analyzed. This is a simple two columns data.frame in which the first column correspond to patients identifiers, and the second column to the phenotypic response encoded as binary class (using the integers 0 and 1). The nPlatforms argument specifies the number of platforms that will be analyzed.
此功能覆羽包含在同一患者不同的基因组进行到measurtements data.frames名单基因集中在用于进一步分析基因表型为计算分数。数据框输入列表（dataIntersection）的必须具有相同的4110列作为患者，基因行。列名确定患者，而rownames确定该基因。参数response被用来传递有关样品进行分析的表型信息。这是一个简单的两列数据框，其中第一列对应患者标识符，第二列编码为二进制类（用0和1的整数）的表型反应。 nPlatforms参数指定将要分析的平台数量。


值----------Value----------

A list of data.frames, one for each analyzed gene, summarizing all genomic measurements and phenotipic information across patients and platforms.
一个的data.frames名单，每个分析的基因，总结了所有基因组的测量和患者和平台之间的phenotipic信息。


作者（S）----------Author(s)----------


Luigi Marchionni <a href="mailto:marchion@jhu.edu">marchion@jhu.edu</a>



参考文献----------References----------

"Integrating diverse genomic data using gene sets." Manuscript submitted.

举例----------Examples----------



###load data[＃＃加载数据]
data(exampleData)

###convert[＃＃转换]
dataDr <- convertToDr(dat, pheno, 4)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。