getTBInfo(RTools4TB)
getTBInfo()所属R语言包:RTools4TB
Get information about an experiment or a platform.
大约一个实验平台,获取信息。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function fetch informations from the TBrowserDB for a microarray experiment, a microarray platform or a transcriptional signature.
此功能TBrowserDB微阵列实验,一个芯片平台或转录签名获取信息。
用法----------Usage----------
getTBInfo(field = c("platform", "experiment", "signature", "samples"), value = NULL, verbose = TRUE, save = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数:field
The type of information to retrieve. Should be one of "platform", "experiment" or "signature".
检索的信息类型。应该是一个“平台”,“实验”或“签名”。
参数:value
A platform ID (e.g., GPL96), experiment ID (e.g., GSE2004) or signatureID (e.g., "0AC1A39A5") depending on the "field" argument.
一个平台ID(,GPL96),实验ID(例如,GSE2004)或signatureID(例如,“0AC1A39A5”)根据“场”的说法。
参数:verbose
If set to TRUE the fonction displays informations on the screen.
如果设置为TRUE fonction显示在屏幕上的信息。
参数:save
if set to TRUE data are stored onto disk.
如果设置为TRUE,数据存储到磁盘。
值----------Value----------
The output will differ depending one the field argument.
输出会有所不同,这取决于一个field参数。
参数:
if field = "platform", the function will display plateform informations (e.g.: name, organism, manufacturer, nb. probes, nb. genes, Title and Description).
如果field = "platform",该函数将显示平板的信息(如:名称,生物,制造商,NB探针,NB基因,标题和描述)。
参数:
if field = "experiment", the function will display informations about the experiment (e.g.: name, organism, PMID, nb. samples, title and summary).
如果field = "experiment",功能将有关实验显示的信息(如:名称,生物,单元,NB样品,标题和摘要。)。
参数:
if field = "signature", the function will display informations about the experiment (e.g.: signatureID, platform, experiment, organism, nb.probes, nb.genes, nb.samples).
如果field = "signature",函数将显示有关实验(例如:signatureID平台,实验,生物,nb.probes,nb.genes,nb.samples的)信息。
参数:
if field = "samples", the function will display informations about all the samples from an signatureID (e.g.: sampleID, descriptions).
如果field = "samples",该函数将显示从signatureID(如:sampleID,描述)对所有样品的信息。
作者(S)----------Author(s)----------
Bergon A., Lopez F., Textoris J., Granjeaud S. and Puthier D.
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
Other function which allow to query the TBrowser database: getSignatures, getExpressionMatrix
其他功能,允许查询的TBrowser数据库:getSignatures,getExpressionMatrix
举例----------Examples----------
## Not run: [#无法运行:]
# retrieving information related to GSE2004[检索信息涉及到GSE2004]
gse2004Info <- getTBInfo(field="experiment", value="GSE2004")
# retrieving information related to GPL96[检索信息涉及到GPL96]
gpl96Info <- getTBInfo(field="platform", value="GPL96")
# retrieving information related to a signature[有关签名的检索信息]
signInfo <- getTBInfo(field="signature", value="0AC1A39A5")
# retrieving samples information related to a signature[检索样品信息与签名]
samplesInfo <- getTBInfo(field="samples", value="0AC1A39A5")
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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