R语言 RTCA包 parseRTCA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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parseRTCA(RTCA)
parseRTCA()所属R语言包：RTCA

                                         PARSE RTCA OUTPUT FILE
                                         解析RTCA输出文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function parses RTCA output file into RTCA object
函数解析成RTCA对象RTCA输出文件


用法----------Usage----------


parseRTCA(file, dec = ".", phenoData, maskWell, ...)



参数----------Arguments----------

参数：file
character, name of the RTCA output file
字符，名称的RTCA输出文件


参数：dec
decimal sign of the file
小数点的文件


参数：phenoData
phenoData
phenoData


参数：maskWell
character, either names or regular expression pattern(s) for well(s) to mask
屏蔽字符或者名称，或以及正则表达式模式（S）（S）


参数：...
other parameters passed to read.table
其他参数传递read.table


Details

详情----------Details----------

A csv-like format file can be exported from the RTCA device, which can be fed into this function to set up an instance of RTCA object.
从RTCA设备，可以喂养到这个功能，成立RTCA对象的一个实例，可以导出一个CSV类似格式的文件。

In the /extdata/ directory of the package, such a file is provided as an example. The first line contains the experiment ID, which is followed by a matrix of recorded data in the tabular form. The first and second column records the time-interval in the unit of hour and hour-minute-second format respectively. The rest columns then record the read-out ("Cell-Index", or "CI") of the device, with each well a role.
在/ extdata /包的目录，这样的文件提供一个例子。第一行包含实验ID，这是由表格中记录的数据矩阵。第一和第二列记录在单位分别小时和小时分钟秒格式的时间间隔。其余的列，然后记录设备的读出“单元指数”，或“CI的，每口井的作用。

phenoData allows user to annotate the wells.Its usage mimicks the ExpressionSet object in the Biobase package.
phenoData允许用户注释wells.Its使用mimicksExpressionSet包Biobase对象的。

maskWell allows to mask wells in case, for example, they are known to be contaminated. The values can be either a vector of well names, or a regular expression pattern for wells to be masked. To learn regular expression patterns see grep.
maskWell可以掩盖的情况下，例如，他们被称为被污染的水井。值可以是一个向量以及名称，或一个井正则表达式模式被屏蔽。要学习正则表达式模式看到grep。


值----------Value----------

An object of RTCA-class
一个RTCA-class的对象


作者（S）----------Author(s)----------



Jitao David Zhang <a href="mailto:jitao_david.zhang@roche.com">jitao_david.zhang@roche.com</a>




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


require(RTCA)
  
ofile <- system.file("extdata/testOutput.csv", package="RTCA")
pfile <- system.file("extdata/testOutputPhenoData.csv", package="RTCA")

pData <- read.csv(pfile, sep="\t", row.names="Well")
metaData <- data.frame(labelDescription=c(
"Rack number",
"siRNA catalogue number",
"siRNA gene symbol",
"siRNA EntrezGene ID",
"siRNA targeting accession"
))

phData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metaData)
x <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData)

print(x)

## mask wells, e.g. due to unusual values[＃面具井，例如由于异常值]
x.skip <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData, maskWell=c("D09"))
x.skip.multiWells <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData, maskWell=c("A01", "B01",
"C02"))
## skip the last row[＃跳到最后一排。]
x.skip.pattern <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData,
maskWell=c("H[0-9]{2}"))

## check the number of masked wells[＃检查蒙面井数]
noMasked <- function(x) sum(apply(x, 2, function(x) all(is.na(x))))
noMasked(exprs(x))
noMasked(exprs(x.skip))
noMasked(exprs(x.skip.multiWells))
noMasked(exprs(x.skip.pattern))

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