R语言 RTCA包 controlView()函数中文帮助文档(中英文对照)

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controlView(RTCA)
controlView()所属R语言包：RTCA

                                         PLOT CONTROL WELLS IN RTCA DATA
                                         图RTCA数据控制井

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A convenience function to plot sample wells with control wells on an E-plate in RTCA system. To use the function the phenoData field of the RTCA object must contain a field named “GeneSymbol”.
一项方便的功能来绘制样品井控制井RTCA系统的电子板。使用的功能的RTCA对象phenoData字段必须包含字段名为“GeneSymbol”。


用法----------Usage----------


controlView(rtca, genesymbol = c("Allstar", "COPB2", "GFP", "mock", "PLK1", "WEE1"), cols, ylim, smooth = FALSE, group = TRUE, ylab = "Normalized cell index", xlab = "Time interval (hour)", drawsd = TRUE, normline = TRUE, ncol = 1, legendpos = "topleft", pData.column="GeneSymbol",...)



参数----------Arguments----------

参数：rtca
An object of RTCA.To use the function, the phenoData must contain a column which name is specified by the pData.column parameter.  
一个对象RTCA。要使用的功能，的phenoData必须包含一个pData.column参数指定名称的列。


参数：genesymbol
character, gene symbols to be plotted.  
要绘制的字符，基因符号。


参数：cols
character, colors used by the provided gene symbols
字符，使用所提供的基因符号的颜色


参数：ylim
y-axis lim
Y-轴林


参数：smooth
logical, whether the RTCA object should be smoothed before plotting
逻辑，RTCA对象是否应平滑之前绘制


参数：group
logical. If "group" is set to TRUE, wells with the same GeneSymbol will be summarized and plotted. For instance, these could be biological replicates. Otherwise each well is plotted separatedly
逻辑。如果“本集团”设置相同GeneSymbolTRUE，水井，将总结并绘制。例如，这些可能是生物的复制。否则，每口井绘制separatedly


参数：ylab
y axis label
Y轴标签


参数：xlab
x axis label
X轴标签


参数：drawsd
logical, should the error bar be drawn to represent standard deviation?
逻辑，应被吸引到错误栏表示标准偏差？


参数：normline
logical, should the base-time indicated by a line? See ratioTransform for the concept of the base-time
逻辑，应碱基时表示行？看到ratioTransform基的概念


参数：ncol
integer, legend column number
整数，传说中的列数


参数：legendpos
character, legend position
人物，传奇的位置


参数：pData.column
The column which the genesymbol parameter will be matched with
genesymbol参数将匹配的列


参数：...
other parameters passed to the plot function
其他参数传递给plot函数


Details

详情----------Details----------

The function is often called to draw sample and control in one plot.
该功能通常被称为积于一身绘制的样本和控制。


值----------Value----------

NULL, the function is called for its side effect
NULL，该功能被称为其副作用


作者（S）----------Author(s)----------



Jitao David Zhang <a href="mailto:jitao_david.zhang@roche.com">jitao_david.zhang@roche.com</a>




参见----------See Also----------

RTCA
RTCA


举例----------Examples----------


require(RTCA)
  
ofile <- system.file("extdata/testOutput.csv", package="RTCA")
pfile <- system.file("extdata/testOutputPhenoData.csv", package="RTCA")

pData <- read.csv(pfile, sep="\t", row.names="Well")
metaData <- data.frame(labelDescription=c(
"Rack number",
"siRNA catalogue number",
"siRNA gene symbol",
"siRNA EntrezGene ID",
"siRNA targeting accession"
))

phData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metaData)
x <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData)

controlView(x, genesymbol=c("mock","COPB2","PLK1"),ylim=c(0,2))

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