relateChers(Ringo)
relateChers()所属R语言包：Ringo
Relate found Chers to genomic features
有关发现Chers基因功能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function relates found 'cher's (ChIP-enriched regions) to annotated genomic features, such as transcripts.
发现“雪儿（芯片丰富的区域）的注释基因组的功能，如成绩单，此功能有关。
用法----------Usage----------
relateChers(pl, gff, upstream = 5000, verbose = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：pl
Object of class cherList
对象类cherList
参数：gff
data.frame holding genomic feature annotation
data.frame保持基因组功能注释
参数：upstream
up to how many bases upstream of annotated genomic features should chers be counted as related to that feature (see details)
多少碱基上游注释的基因组功能chers应算作有关该功能（见详情）
参数：verbose
logical; extended output to STDOUT?
逻辑扩展输出到STDOUT？
Details
详情----------Details----------
chers will be counted as related to genomic features, if
将算作chers相关基因的功能，如果
their middle position is located between start and end position of the feature
他们中间的位置，位于之间的开始和结束位置的功能
their middle position is located not more than argument upstream bases upstream of the feature start
他们的中间位置位于比参数upstream上游碱基的功能开始
.
。
One can visualize such cher-feature relations as a graph using the Bioconductor package Rgraphviz. See the script 'graphChers2Transcripts.R' in Ringo's scripts directory for an example.
人们可以使用Bioconductor包Rgraphviz图可视化等雪儿功能关系。见脚本Ringo的脚本目录中的一个例子graphChers2Transcripts.R“。
值----------Value----------
An object of class cherList with for each cher the elements typeUpstream and typeInside filled in with the names of the features that have been related to.
一个类的对象cherList每个雪儿元素typeUpstream和typeInside装满已涉及到的功能的名称。
作者（S）----------Author(s)----------
Joern Toedling
举例----------Examples----------
# see findChersOnSmoothed for an example[看一个例子findChersOnSmoothed]
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注：
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发表于 2012-2-26 12:59:15
