R语言 Ringo包 quantilesOverPositions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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quantilesOverPositions(Ringo)
quantilesOverPositions()所属R语言包：Ringo

                                         show ChIP-chip data aligned over genome features, e.g. TSSs
                                         显示了基因组的功能，例如对准芯片的芯片资料起始位置跟

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to show the ChIP-chip data aligned over certain genome features, for example transcription start sites (TSSs).
功能显示芯片在某些基因功能的芯片数据对齐例如转录起始位点（起始位置跟）。


用法----------Usage----------


quantilesOverPositions(xSet, selGenes, g2p,
                       positions = seq(-5000, 10000, by = 250),
                       quantiles = c(0.1, 0.5, 0.9))



参数----------Arguments----------

参数：xSet
an ExpressionSet holding the ChIP-chip data
ExpressionSet芯片的芯片数据


参数：selGenes
character; vector of genome features, e.g. transcripts, to use for the plot
字符;向量的基因组功能，例如成绩单，使用的图


参数：g2p
A list object containing the mapping between genome positions and probes on the microarray. Created with the function features2Probes.
列表对象，其中包含基因组的位置和芯片上的探针之间的映射。创建功能features2Probes。


参数：positions
Numeric vector of positions related to the coordinates of the genome features, such as in which distances of the TSS the values should be computed over the aligned data  
TSS的值应在对齐的数据计算的距离有关的基因组功能的坐标位置，如在数字向量


参数：quantiles
numeric; which quantiles to compute over the aligned data
数字;位数对齐的数据计算


值----------Value----------

An object of class qop, which can be visualized by its plot method.
一个对象类qop，它可以是可视其图方法。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern Toedling



参见----------See Also----------

features2Probes, qop-class
features2Probes，qop-class


举例----------Examples----------


  ringoExampleDir <- system.file("exData",package="Ringo")
  load(file.path(ringoExampleDir,"exampleProbeAnno.rda"))
  trans2Probe <- features2Probes(exGFF, exProbeAnno)
  load(file.path(ringoExampleDir,"exampleX.rda"))
  exampleSX <- computeRunningMedians(exampleX, probeAnno=exProbeAnno,
     modColumn = "Cy5", allChr = "9", winHalfSize = 400)
  exampleC <- findChersOnSmoothed(exampleSX, probeAnno=exProbeAnno,
     thresholds=0.2, allChr="9", distCutOff=600, cellType="human")
  exampleC <- relateChers(exampleC, exGFF)
  exampleQop <- quantilesOverPositions(exampleSX,
     selGenes=getFeats(exampleC), quantiles=c(0.5, 0.9),
     g2p=trans2Probe, positions=seq(-4000, 1000, by=250))
  show(exampleQop)
  plot(exampleQop, ylim=c(-0.5, 2.1))

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