compute.gc(Ringo)
compute.gc()所属R语言包:Ringo
Compute the GC content of DNA and probe sequences
计算DNA和探针序列的GC含量
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Simple auxiliary function to compute the GC content of a given set of DNA sequences, such as microarray probe sequences.
简单的辅助函数来计算一个给定的DNA序列,如基因芯片探针序列,GC含量。
用法----------Usage----------
compute.gc(probe.sequences, digits = 2)
参数----------Arguments----------
参数:probe.sequences
character vector of DNA or probe sequences of which the GC content is to be computed
DNA或探针序列的GC含量要计算的特征向量
参数:digits
integer specifying the desired precision
整数,指定所需的精度
值----------Value----------
a numeric vector with sequence-wise GC contents; the names of this vector are the names of the supplied probe.sequences.
与明智的序列GC含量的数字向量,此向量的名称是所提供的probe.sequences的名称。
作者(S)----------Author(s)----------
Joern Toedling
参见----------See Also----------
Function basecontent in package matchprobes for a
功能basecontent包matchprobes为
举例----------Examples----------
ex.seqs <- c("gattaca", "GGGNTT", "ggAtT", "tata","gcccg")
names(ex.seqs) <- paste("sequence",1:5,sep="")
compute.gc(ex.seqs)
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