training(rHVDM)
training()所属R语言包：rHVDM
Performs the HVDM training step and returns a list containing the results
执行的HVDM的训练步骤和返回一个列表，其中包含的结果
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This method performs the training step of the HVDM algorithm. It returns a list that will then be used in the subsequent screening step.
此方法执行的HVDM算法的训练步骤。它返回一个列表，然后将在随后的筛选步骤。
用法----------Usage----------
training(eset,genes,transforms,degrate,actname,pdata,forcetransforms)
参数----------Arguments----------
参数：eset
an ExpressionSet object (Biobase)
ExpressionSet对象（BIOBASE）
参数：genes
a vector containg the gene identifiers of the training genes
矢量containg训练基因的基因标识
参数：transforms
a vector containing the kintetic parameter identifiers that have to be transformed during optimisation (optional)
矢量包含kintetic参数标识符（可选）在优化过程中，必须转化
参数：degrate
value of the anchoring gene degradation rate, expressed in inverse unit time (optional)
锚定的基因降解率的值，表示逆单位时间（可选）
参数：pdata
a data frame, phenoData to be used for the training (optional)
一个数据框，phenoData培训（可选）
参数：actname
name of the transcription factor of interest (optional)
名利益转录因子（可选）
参数：forcetransforms
Boolean, whether the transformation in argument transforms have to be applied
布尔，是否适用于转型中的参数转换有
Details
详情----------Details----------
The first entry in the genes vector is the anchoring gene. This means that the sensitivity (Sj) for this genes is set at 1.0 by default and that if a degradation rate is supplied it applies to that gene.
在基因向量的第一项是锚定的基因。这意味着，这个基因的灵敏度（SJ）在1.0默认情况下，如果提供的降解率，它适用于该基因。
An exponential transform is set by default for both the basal (Bj) and degradation (Dj) rates (through the transforms argument). This forces the values for both these parameters to be positive. It also helps to reach a better fit. To turn this off, set the forcetransforms switch to FALSE. Even in this case the degradation rate will not be allowed to take non-positive values as it causes problems with the differential operator used internally. The value in the vector indicates the parameter to be transformed: "Bj": basal rate of transcription, "Sj": sensitivity, "Dj": degrdation rate. The entry label indicates the transform to be applied; presently, only log-tranforms are implemented (ie "exp").
默认设置的指数变换为基础（北京）和降解率（DJ）（通过转换参数）。这迫使这两个参数的值是积极的。它还有助于达到一个更适合。关闭这个功能，forcetransforms开关设置为FALSE。即使在这种情况下的降解率将不会被允许采取非正面的价值观，因为它会导致内部使用的微分算子的问题。在向量的值表示要转换的参数：“BJ”：基础的转录率，“SJ”的敏感性，“DJ”：degrdation率。条目标签指示转化应用;目前只记录tranforms实施（即“地契”）。
The degrate argument is optional, but it is recommended to provide the algorithm with an externally measured degradation rate, as this greatly improves the accuracy and robustness of the outcome.
degrate参数是可选的，但建议提供外部测量的降解率的算法，这大大提高了结果的准确性和鲁棒性。
The pdata argument is also optional. By default the method will use the phenoData contained in the expression set. This argument can be used for excluding a time point, or an entire replicate. To extract the phenoData from the expression set, use dataframe<-pData(eset). The dataframe object obtained can then be manipulated as desired.
pdata参数也是可选的。默认情况下，该方法将使用中的表达集所载phenoData。这种说法，可以用于排除某个时间点，或整个复制。提取表达集phenoData，使用dataframe<-pData(eset)。 dataframe对象获得，然后可以根据需要调节。
The default name of the transcription factor is "trfact1".
转录因子的默认名称是“trfact1”。
值----------Value----------
a list containing the results (see documentation for more details).
一个列表，其中包含的结果（详情请参阅文档）。
注意----------Note----------
It is recommended to run the HVDMcheck method before running this command.
建议在运行此命令之前运行HVDMcheck方法。
作者（S）----------Author(s)----------
Martino Barenco
参考文献----------References----------
of p53 targets using Hidden Variable Dynamic Modelling. Genome Biology, V7(3), R25.
参见----------See Also----------
HVDMcheck,screening,fitgene,HVDMreport
HVDMcheck，screening，fitgene，HVDMreport
举例----------Examples----------
data(HVDMexample)
tHVDMp53<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=p53traingenes,degrate=0.8,actname="p53")
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 12:56:03
