R语言 rGADEM包 parameters-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

parameters-class(rGADEM)
parameters-class()所属R语言包：rGADEM

                                        Class "parameters"
                                         类“参数”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This object contains contains parameters of GADEM analysis
此对象包含包含的GADEM分析参数


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("motif_gadem", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("motif_gadem", ...)。


插槽----------Slots----------




numWordGroup :Number of non-zero k-mer groups.
numWordGroup：非零K-MER组数。




numTop3mer :Number of top-ranked trimers for spaced dyads (default: 20).
numTop3mer：间隔二人组合（默认值：20）排名第一的三聚体的数量。




verbose rint immediate results on screen [1-yes (default), 0-no].
verbose：当屏幕上打印立竿见影的效果[1  - 是（默认），0  - 无]。




numTop4mer :Number of top-ranked tetramers for spaced dyads (default: 40).
numTop4mer：间隔二人组合（默认值：40）排名第一的四聚体的数量。




numTop5mer :Number of top-ranked pentamers for spaced dyads (default: 60).
numTop5mer：间隔二人组合排名第一的五聚体（默认值：60）的数量。




numGeneration :Number of genetic algorithm (GA) generations (default: 5).
numGeneration：数遗传算法（GA）的后代（默认值：5）。




populationSize :GA population size (default: 100).
populationSize：GA人口规模（默认：100）。




pValue -value cutoff for declaring BINDING SITES (default: 0.0002).
pValue：P值申报结合位点（默认值：0.0002）截止。




eValue :ln(E-value) cutoff for selecting MOTIFS (default: 0.0).
安勤：LN（E值）截止选择图案（默认值：0.0）。




extTrim :Base extension and trimming (1 -yes, 0 -no) (default: 1).
extTrim：碱基延伸和修剪（1是，0）（默认是：1）。




minSpaceWidth :Minimal number of unspecified nucleotides in spaced dyads (default: 0).
minSpaceWidth：间隔二元关系的最小数目不详核苷酸（默认值：0）。




maxSpaceWidth :Maximal number of unspecified nucleotides in spaced dyads (default: 10).
maxSpaceWidth：不详核苷酸间隔二元关系的最大数量（默认值：10）。




useChIPscore :Use top-scoring sequences for deriving PWMs.
useChIPscore：使用所产生的PWM得分最高的序列。




numEM :Number of EM steps (default: 40).
numEM：号码的EM步骤（默认：40）。




fEM :Fraction of sequences used in EM to obtain PWMs in an unseeded analysis (default: 0.5).
有限元分析：在EM用于获取在非种子选手的分析（默认值：0.5）的PWM序列的一小部分。




widthWt :For -posWt 1 or 3, width of central sequence region with large EM weights for PWM optimization (default: 50).
widthWt：对于posWt 1或3，大型EM重量为PWM优化（默认是：50）中央序列区的宽度。




fullScan :GADEM keeps two copies of the input sequences internally.
FULLSCAN，：GADEM保持内部的输入序列的两个副本。




slideWinPWM :Sliding window for comparing pwm similarity (default : 6).
slideWinPWM PWM相似的比较：滑动窗口（默认是：6）。




numBackgSets :Number of sets of background sequences (default: 10).
numBackgSets：背景序列集数（默认值：10）。




weightType :Weight profile for positions on the sequence.
weightType：重量为序列上的立场的文件。




bFileName :Reading user-specified background models.
BFILENAME：读用户指定的背景模型。




Spwm :File name for the seed PWM, when a seeded approach is used.
SPWM：PWM的种子，当种子的方法是使用文件名。




nSequences :Number of input sequences.
nSequences：输入序列号。




maskR :Mask low-complexity sequences or repeats.
maskR：面膜低复杂度的序列或重复。




nmotifs :Maximal number of motifs sought.
nmotifs：图案的最大数量的追捧。


作者（S）----------Author(s)----------


Arnaud Droit <a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca</a>



参见----------See Also----------

gadem , align, motif
gadem，align，motif


举例----------Examples----------


showClass("parameters")

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。