R语言 reb包 writeGFF3()函数中文帮助文档(中英文对照)

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writeGFF3(reb)
writeGFF3()所属R语言包：reb

                                         Output of a GFF compliant table describing the enhanced and diminished chromosomal bands.
                                         输出一个的GFF符合描述的增强和减弱的染色体带表。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function writes out a GFF compliant tab delimited file for intergration with genome browsers.
这个函数写出与基因组浏览器为一体化GFF符合制表符分隔的文件。


用法----------Usage----------


writeGFF3(cset, genome, chr, file.prefix = "temp.gff", organism = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：cset
expression set containing cytogenetic predictions, see reb   
含有单元遗传学预测表达式设置，看到reb


参数：genome
chromLocation object containing annotation information  
chromLocation对象包含注释信息


参数：chr
chromosome to examine  
染色体检查


参数：file.prefix
character string - name of the output file, defaults to "temp.gff"  
字符串 - 输出文件的名称，默认为“temp.gff”


参数：organism
if NULL, determination of the host organism will be retrieved from the organism slot of the chromLocation object. Otherwise "h", "r", or "m" can be used to specify human, rat, or mouse chromosome information
如果为NULL，宿主生物体的决心，将取自organism的chromLocation对象插槽。否则"h"，"r"或"m"可以用来指定人类，大鼠，小鼠染色体信息


值----------Value----------

writeGFF3 returns an invisible list of character vectors.
writeGFF3返回一个无形的特征向量。


作者（S）----------Author(s)----------



Karl J. Dykema, <a href="mailto:karl.dykema@vai.org">karl.dykema@vai.org</a>
Kyle A. Furge, <a href="mailto:kyle.furge@vai.org">kyle.furge@vai.org</a>




参考文献----------References----------

genomic hybridization with gene expression-based regional expression biases to identify genetic abnormalities in hepatocellular carcinoma. BMC Genomics. 2005 May 9;6(1):67. PMID: 1588246


参见----------See Also----------

reb
reb


举例----------Examples----------




data(idiogramExample)
ix <- abs(colo.eset) > .225
colo.eset[ix] <- NA
idiogram(colo.eset,ucsf.chr,"14",method="i",dlim=c(-1,1),col=.rwb)
gffmat <- writeGFF3(colo.eset,ucsf.chr,"14",NULL)
gffmat[1:4,]


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