R语言 RankProd包 plotRP()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotRP(RankProd)
plotRP()所属R语言包：RankProd

                                        Graphical Display of the Rank Product/Sum analysis
                                         图形显示等级产品/森分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot a graphical display of the estimated pfp vs
估计亲民党与绘制图形显示


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
the value returned by function RP,  RPadvance or RSadvance  
功能反相，RPadvance或RSadvance的返回值


参数：cutoff
threshold in pfp used to select genes
在亲民党的阈值来选择基因


值----------Value----------

A graphical display of the estimated pfp vs number of  identified genes, which is also the gene rank of its  original rank product/sum across all comparison. If cutoff  is sepcified, a horizontal line will be plotted on the  graphic to indicate the positon of the cutoff point, and  all genes identified will be marked red.
一个估计亲民党与数量确定的基因，这也是其原职级产品/所有比较的总和基因排名图形显示。如果是sepcified，截止一条水平线将在图形上绘制的分界点，表明当前位置，并确定将所有基因标记为红色。

Two plots will be displayed, one for the identification of  up-regulated genes in class 2, one for the identification of  down-regulated genes in class 2
两图将显示，上调基因的鉴定，一个2级2级下调基因鉴定


作者（S）----------Author(s)----------


Fangxin Hong <a href="mailto:fhong@salk.edu">fhong@salk.edu</a>



参见----------See Also----------

topGene   RP   RPadvance RSadvance
topGeneRPRPadvanceRSadvance


举例----------Examples----------


     
      # Load the data of Golub et al. (1999). data(golub) [Golub等装入的数据。 （1999年）。数据（戈卢布）]
      #contains a 3051x38 gene expression[包含一个的3051x38基因表达]
      # matrix called golub, a vector of length called golub.cl [矩阵称为戈卢布，向量的长度称为golub.cl]
      #that consists of the 38 class labels,[由38类标签，]
      # and a matrix called golub.gnames whose third column contains the gene names.[矩阵称为的golub.gnames的第三列包含的基因名称。]
      data(golub)

      #use a subset of data as example, apply the rank product method[使用数据的一个子集为例，申请排名产品的方法]
      subset <- c(1:4,28:30)
      #Setting rand=123, to make the results reproducible,[设置兰特= 123，结果重现性好，]

      #identify genes that are up-regulated in class 2 [确定在2级上调的基因]
      #(class label =1)[（类标签= 1）]
      RP.out <- RP(golub[,subset],golub.cl[subset], rand=123)
      
      #plot the results[绘制结果]
      plotRP(RP.out,cutoff=0.05)
      

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注：
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