R语言 RamiGO包 AmigoDot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AmigoDot(RamiGO)
AmigoDot()所属R语言包：RamiGO

                                        AmigoDot constructor and accessors
                                         AmigoDot构造和存取

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions for creating and manipulating AmigoDot-class objects.
为创建和操纵AmigoDot类对象的功能。


用法----------Usage----------


agraph(object)
agraph(object) <- value
adjMatrix(object)
adjMatrix(object) <- value
annot(object)
annot(object) <- value
relations(object)
relations(object) <- value
leaves(object)
leaves(object) <- value



参数----------Arguments----------

参数：object
An AmigoDot S4 object
一个AmigoDot S4对象


参数：value
An AmigoDot S4 object
一个AmigoDot S4对象


Details

详情----------Details----------

agraph(object)Gets the igraph object.
agraph(object)获取IGRAPH的对象。

agraph(object) <- valueSets the igraph object.
agraph(object) <- value设置IGRAPH的对象。

adjMatrix(object)Gets the adjacency matrix.
adjMatrix(object)取得的邻接矩阵。

adjMatrix(object) <- valueSets the adjacency matrix.
adjMatrix(object) <- value设置的邻接矩阵。

annot(object)Gets the data.frame containing the annotation of the tree with the columns node, GO_ID, description, color, fillcolor and fontcolor.
annot(object)获取的数据框包含列节点，GO_ID，说明，颜色，FillColor和文字颜色的树的注释。

annot(object) <- valueSets the the data.frame containing the annotation of the tree with the columns node, GO_ID, description, color, fillcolor and fontcolor.
annot(object) <- value设置的数据框包含列节点，GO_ID，说明，颜色，FillColor和文字颜色的树的注释。

relations(object)Gets the data.frame containing the relations between the node of the tree and also information about the edges. The columns are parent, child, arrowhead, arrowtail, color and style.
relations(object)获取数据框包含树节点和边缘信息之间的关系。列的父母，子女，慈菇，arrowtail，颜色和风格。

relations(object) <- valueSets the the data.frame containing the relations between the node of the tree and also information about the edges. The columns are parent, child, arrowhead, arrowtail, color and style.
relations(object) <- value设置的数据框包含树节点和边缘信息之间的关系。列的父母，子女，慈菇，arrowtail，颜色和风格。

leaves(object)Gets the data.frame containing the leaves of the tree with the columns node, GO_ID, description, color, fillcolor and fontcolor.
leaves(object)获取数据框包含列节点，GO_ID，说明，颜色，FillColor和文字颜色的树叶。

leaves(object) <- valueSets the the data.frame containing the leaves of the tree with the columns node, GO_ID, description, color, fillcolor and fontcolor.
leaves(object) <- value设置的数据框包含列节点，GO_ID，说明，颜色，FillColor和文字颜色的树叶。


值----------Value----------


参数：AmigoDot
Object of class AmigoDot.
对象类AmigoDot。


参数：agraph
igraph object.
IGRAPH对象。


参数：adjMatrix
Adjacency Matrix.
邻接矩阵。


参数：annot, leaves
Annotation for each node.
每个节点的诠释。


参数：relations
Meta information about the edges between nodes.
Meta信息节点之间的边缘。


作者（S）----------Author(s)----------


Markus Schroeder <a href="mschroed@jimmy.harvard.edu">mschroed@jimmy.harvard.edu</a>



参见----------See Also----------

AmigoDot-class igraph
AmigoDot-classigraph


举例----------Examples----------


## set GO ID's and color[＃设置好编号和颜色]
goIDs <- c("GO:0051130","GO:0019912","GO:0005783")
color <- c("lightblue","red","yellow")

dd <- getAmigoTree(goIDs=goIDs,color=color,
  filename="example",picType="dot",saveResult=FALSE)
tt <- readAmigoDot(object=dd)

agraph(tt)
adjMatrix(tt)
annot(tt)
relations(tt)
leaves(tt)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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