R语言 R453Plus1Toolbox包 readsOnTarget()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readsOnTarget(R453Plus1Toolbox)
readsOnTarget()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                         Check for each read whether it aligns within the given region.
                                         检查每个是否给定的区域内对齐。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This methods checks (approximately) whether the given reads align within a given region.
此方法检查是否给定的读取某一特定区域内的对齐（约）。


用法----------Usage----------


  readsOnTarget(alnReads, targetRegion)



参数----------Arguments----------

参数：alnReads
A list as returned by scanBam storing aligned reads.  
一个scanBam存储对齐返回列表读取。


参数：targetRegion
The target region as a RangesList. The chromosome names must fit to the chromosome names used in the alignment information of the given reads.  
作为一个RangesList的目标区域。染色体的名称必须符合在染色体中的读取对齐信息使用的名称。


Details

详情----------Details----------

The detailed alignment information given by the CIGAR strings in .bam files are ignored by the function. Instead, it is assumed that the whole read alignes to the reference without indels. This is often not true for longer read (e.g. generated with Roche 454 Sequencing), but saves computation time. Hence, this method is useful to approximate the number of reads that align in the target region of a targeted sequencing experiment.
详细路线信息由CIGAR字符串。BAM文件被忽略的功能。相反，它是假设整个读alignes没有INDELS参考。这往往是不是真正更长的读取（如罗氏454测序产生），但可以节省计算时间。因此，这种方法是有用的近似读取的数量，在有针对性的测序实验的目标区域一致。


值----------Value----------

A list with one logical vector for each list entry in alnReads.  The logical vector indicates for each read whether it overlaps with at least
与一个逻辑向量每个列表alnReads条目列表。逻辑向量表示是否重叠至少每读


作者（S）----------Author(s)----------


Hans-Ulrich Klein



参见----------See Also----------

scanBam
scanBam


举例----------Examples----------


library(Rsamtools)
bamFile = system.file("extdata", "StructuralVariantDetection", "bam", "N01.bam", package="R453Plus1Toolbox")
bam = scanBam(bamFile)
region = RangesList("11"=IRanges(start=118307205, end=118395936))
targetReads = readsOnTarget(bam, region)
sum(targetReads[[1]])

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