R语言 R453Plus1Toolbox包 MapperSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MapperSet(R453Plus1Toolbox)
MapperSet()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                        Creating a MapperSet
                                         创建1 MapperSet

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function imports a project of Roche's GS Reference Mapper Software. It stores all information into an instance of the Biobase ExpressionSet.
此功能导入了罗氏公司的GS参考Mapper软件项目。它所有的信息存储到的BIOBASE ExpressionSet的实例。


用法----------Usage----------


MapperSet(dirs, samplenames)



参数----------Arguments----------

参数：dirs
A character vector containing all sample directories (i.e. directories that contain the files "mapping/454HCDiffs.txt" (required),  "mapping/454ReadStatus.txt" (optional), "mapping/454NewblerMetrics.txt"(optional)).
字符向量包含所有样品目录（即目录包含文件“mapping/454HCDiffs.txt”（必需），的“mapping/454ReadStatus.txt”（可选），“mapping/454NewblerMetrics.txt”（可选）） 。


参数：samplenames
A character vector containing samplenames. The order and number of samplenames must be consistent with the filenames to ensure  the correctness of the MapperSet. If no samplenames are given, the filenames are used for naming.
字符向量samplenames。的顺序和数量samplenames必须与文件名一致，以确保了MapperSet的正确性。如果没有给出samplenames，被用来命名的文件名。


Details

详情----------Details----------

An instance of the MapperSet is derived from the Biobase eSet and thus structured into <br>
一个实例的MapperSet来自BIOBASE ESET，从而将参考结构

1. assayData <br>
1。 assayData参考




variantForwCount/variantRevCount: Contain the number of reads with the respective difference in forward/reverse direction.
variantForwCount / variantRevCount：包含在各自的差异正向/反向读取数。




totalForwCount/totalRevCount: Contain the total coverage for every variant in forward/reverse direction.
totalForwCount / totalRevCount：包含正向/反向的每一个变种的全覆盖。

2. featureData<br>
2。 featureData参考




chromosome, start/end: Give the location of each variant.
染色体，开始/结束：给每个变种的位置。




referenceBases/variantBase: Show the bases changed in each variant.
referenceBases / variantBase：显示每个变种改变的碱基。




regName: The name of the region (gene) where the variant is located.
regName：（基因）变异位于该区域的名称。




knownSNP: Lists Ensembl variant-ids for known SNPs (if any).
knownSNP：列出已知的SNPs（如有）Ensembl的变种标识。

3. phenoData <br>
3。 phenoData参考


值----------Value----------

An instance of the MapperSet.
实例的MapperSet。


作者（S）----------Author(s)----------


Christoph Bartenhagen



参见----------See Also----------

AVASet-class
AVASet-class


举例----------Examples----------


# load a GS Mapper dataset containing 3 samples and 111 variants[加载GS映射集包含3个样本和111变种]
data(mapperSetExample)
mapperSetExample

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