R语言 R453Plus1Toolbox包 getVariantPercentages()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getVariantPercentages(R453Plus1Toolbox)
getVariantPercentages()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                        Variant coverage
                                         变种覆盖

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes the coverage for each variant (in forward and/or reverse direction) for all samples. The coverage is defined as the  percentual amount of reads that cover a variant.
所有样品的这个函数计算每个变种的覆盖面（正向和/或反向）。被定义为的percentual量读取一个变种，涵盖的覆盖面。


用法----------Usage----------


getVariantPercentages(object, direction="both")



参数----------Arguments----------

参数：object
An instance of class AVASet-class or MapperSet-class.
一个实例的类AVASet-class或MapperSet-class。


参数：direction
A character indicating the direction ("forward", "reverse" or "both").
字符指示的方向（“前进”，“反向”或“双方”）。


Details

详情----------Details----------

If the direction was set to "both", the percentages are computed over the sum of both directions. Otherwise it is computed only over the
如果方向设置为“既”，百分比在两个方向的总和计算。否则，它仅在计算


值----------Value----------

getVariantPercentages returns a data frame with all percentages/frequencies for all samples.
getVariantPercentages返回一个与所有样品的百分比/频率的数据框。


作者（S）----------Author(s)----------


Christoph Bartenhagen



参见----------See Also----------

setVariantFilter.
setVariantFilter。


举例----------Examples----------



# load a (filtered) AVA dataset containing 6 samples, 4 amplicons and 4 variants[加载（过滤）AVA的数据集，其中包含6个样品，4扩增和4变种]
data(avaSetFiltered)
avaSetFiltered

# both directions[两个方向]
getVariantPercentages(avaSetFiltered, direction="both")
# this is equivalent to[这相当于]
(assayData(avaSetFiltered)[[1]] + assayData(avaSetFiltered)[[3]]) / (assayData(avaSetFiltered)[[2]] + assayData(avaSetFiltered)[[4]])

# forward direction only[仅前进方向]
getVariantPercentages(avaSetFiltered, direction="forward")
# this is equivalent to[这相当于]
assayData(avaSetFiltered)[[1]] / assayData(avaSetFiltered)[[2]]

# reverse direction only[仅反方向]
getVariantPercentages(avaSetFiltered, direction="reverse")
# this is equivalent to[这相当于]
assayData(avaSetFiltered)[[3]] / assayData(avaSetFiltered)[[4]]



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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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