R语言 R453Plus1Toolbox包 getAlignedReads()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getAlignedReads(R453Plus1Toolbox)
getAlignedReads()所属R语言包：R453Plus1Toolbox

                                         Import reads from an Amplicon Variant Analyzer project
                                         进口读取从一个扩增变异分析仪项目

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For a given AVASet, this function imports all aligned reads belonging to all (or some selected) amplicons of all samples.
对于某一AVASet，这个函数导入所有对齐读属于所有（或部分选中）所有样品的扩增。


用法----------Usage----------


getAlignedReads(object, amplicons, dir)



参数----------Arguments----------

参数：object
An instance of the link{AVASet-class}.
的link{AVASet-class}实例。


参数：amplicons
An (optional) character vector of amplicon names as mentioned in the amplicon feature data (see fDataAmp).
扩增功能数据提到的扩增名（可选）特征向量（见fDataAmp）。


参数：dir
Usually, the method tries to retrieve the path to the AVA project from the given link{AVASet} object. However, if it fails to find the directory, dir can be used to set the root directory of the AVA project.
通常情况下，该方法试图从给定的link{AVASet}对象检索的AVA项目的路径。然而，如果它未能找到目录，dir可以用来设置的AVA项目的根目录。


Details

详情----------Details----------

This function reports all reads for all samples together. If you want to get the reads for some samples individually, try subsetting your  AVASet as in the examples below.
此功能报告，所有样品的所有内容一起。如果你想获得一些样品读取单独，尝试AVASet子集，如下面的例子。


值----------Value----------

One DNAStringSet that contains all aligned reads for all samples (eventually restricted to some given amplicons).
一DNAStringSet包含所有对齐读取所有样品（最终仅限于某些特定的扩增）。


作者（S）----------Author(s)----------


Christoph Bartenhagen



参见----------See Also----------

AVASet-class, fDataAmp
AVASet-class，fDataAmp


举例----------Examples----------



# load an AVA dataset containing 6 samples, 4 amplicons and 259 variants[加载AVA的数据集，其中包含6个样品，4扩增和259变种]
data(avaSetExample)

# import all reads for amplicon "TET2_E11.04" of the first sample[导入所有读取扩增的“TET2_E11.04”的第一个样本]
avaProjectDir = system.file("extdata", "AVASet", package = "R453Plus1Toolbox")
alnReads = getAlignedReads(avaSetExample[, 1], dir=avaProjectDir, amplicons="TET2_E11.04")
show(alnReads)


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注：
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