R语言 quantsmooth包 prepareGenomePlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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prepareGenomePlot(quantsmooth)
prepareGenomePlot()所属R语言包：quantsmooth

                                        Set up a full genome plot
                                         建立一套完整的基因组中积

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function starts up a plot consisting of all chromosomes of a genomen, including axes with chromosome names.
此功能启动时，一个genomen所有的染色体，包括轴与染色体名组成的图。


用法----------Usage----------


prepareGenomePlot(chrompos, cols = "grey50", paintCytobands = FALSE, bleach = 0, topspace = 1, organism,
                  sexChromosomes = FALSE, units = c("bases", "cM", "ISCN"),...)



参数----------Arguments----------

参数：chrompos
chrompos object, data.frame with CHR column identifying  the chromosome of probes, and a MapInfo column identifying  the position on the chromosome
chrompos对象，数据框CHR列，确定染色体探针和MapInfo列确定在染色体上的位置


参数：cols
color(s) for the chromosome lines
染色体线的颜色（S）


参数：paintCytobands
logical, use paintCytoband to plot ideograms for all chromosomes
逻辑，使用paintCytoband绘制所有染色体的表意文字


参数：bleach
numeric [0,1], proportion by which to bleach the ideograms
数字[0,1]，比例漂白表意文字


参数：topspace
numerical, extra space on top of plot, i.e. for legends
传说的图，即顶部的数值，额外的空间


参数：organism
character, if given a 2 column plot is created with the chromosomes  for the given species. Currently "hsa", "mmu", and "rno" are supported
字符，如果有2列图创建为特定物种的染色体。目前，“奇闻”，“MMU”，“RNO”支持


参数：sexChromosomes
logical, if TRUE then also the sex chromosomes X and Y are plotted
逻辑，如果TRUE然后X和Y性染色体绘制


参数：units
character, type of units for genomic data
单位的性质，类型的基因组数据


参数：...
extra arguments for plot function
plot函数的额外参数


Details

详情----------Details----------

If organism is not supplied then a single column is plotted of the available  chromosomes in chrompos$CHR. The arguments paintCytobands, bleach, and sexChromosomes are not used in that case.
organism如果没有提供，则单个列绘制在chrompos$CHR可用染色体。的论点paintCytobands，bleach，sexChromosomes是不是在这种情况下使用。


值----------Value----------

A matrix with 2 columns that contain the Y and X positions for the probes on the plot
2列包含Y和x位置为图探针矩阵


作者（S）----------Author(s)----------


Jan Oosting

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