R语言 qrqc包 plotQuals-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotQuals-methods(qrqc)
plotQuals-methods()所属R语言包：qrqc

                                        Plot a Base Quality Boxplot by Position
                                         按位置，绘制相应的质量盒形图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plotQuals plots quality statistics by position. Optionally, it adds a lowess curve through the qualities, which is fit with data randomly drawn from the distribution of qualities at each position. A histogram of the sequence length distribution is plotted above the quality plot when histogram is TRUE.
plotQuals图高质量的统计数据，按位置。或者，它增加了一个通过LOWESS的素质，这是适合与数据随机分布素质，在每个位置上绘制曲线。一个序列的长度分布直方图绘制时histogram是TRUE以上质量图。

A legend is plotted on the bottom left if legend is TRUE (this location is used because this where the bases are likely to be of highest quality, and thus not overlap the legend). The grey lines indicate the range of the 10% and 90% quantiles, the orange lines indicate the range of the 25% and 75% quartiles, the blue point is the median, the green dash is the mean, and the purple line is the lowess curve if lowess is TRUE.
如果离开的底部绘制一个传说legend是TRUE（使用此位置，因为这个碱基是可能的最高质量，并因此不重叠的传说）。灰色线表示范围的10％和90％分位数，橘线表明，25％和75％的范围内四分，蓝点是中位数，绿色虚线为平均，紫线LOWESS曲线如果lowess是TRUE的。


用法----------Usage----------


  plotQuals(obj, ylim='relative', lowess=TRUE, histogram=TRUE, legend=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：obj
an S4 object of class FASTQSummary from readSeqFile.
类FASTQSummary从readSeqFile的S4对象。


参数：ylim
either "relative" or "fixed", which will scale the y axis to either the relative range (from the data) or absolute range of qualities.
无论是“相对”或“固定”，将Y轴缩放，无论是相对的范围（从数据）或绝对的品质范围。


参数：lowess
a logical value indicating whether to fit a lowess curve through the quality plot.
一个逻辑值，该值指示是否适合通过质量图LOWESS曲线。


参数：histogram
a logical value indicating whether to add a histogram of the sequence length distribution above the quality plot.
一个逻辑值，该值指示是否添加了上述质量图序列的长度分布直方图。


参数：legend
a logical value indicating whether a legend is to be included.
一个逻辑值，指示是否要包含一个传奇。


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Buffalo <vsbuffalo@ucdavis.edu>



举例----------Examples----------


  ## Load a FASTQ file, with sequence hashing.[＃装入FASTQ的文件，序列的哈希。]
  s.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test.fastq', package='qrqc'))

  ## Plot Qualities[＃图素质的]
  plotQuals(s.fastq)

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