qpBoundary(qpgraph)
qpBoundary()所属R语言包：qpgraph
Maximum boundary size of the resulting qp-graphs
QP-图的最大边界大小
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculates and plots the size of the largest vertex boundary as function of the non-rejection rate.
计算和绘图的规模最大的非废品率函数的顶点边界。
用法----------Usage----------
qpBoundary(nrrMatrix, N=NA, threshold.lim=c(0,1), breaks=5, plot=TRUE,
qpBoundaryOutput=NULL, density.digits=0,
logscale.bdsize=FALSE,
titlebd="Maximum boundary size as function of threshold",
verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：nrrMatrix
matrix of non-rejection rates.
矩阵非排斥反应发生率。
参数：N
number of observations from where the non-rejection rates were estimated.
非排斥反应发生率估计从那里观测的数量。
参数：threshold.lim
range of threshold values on the non-rejection rate.
对非废品率阈值的范围。
参数：breaks
either a number of threshold bins or a vector of threshold breakpoints.
无论是阈值箱数或矢量阈值的断点。
参数：plot
logical; if TRUE makes a plot of the result; if FALSE it does not.
逻辑;如果为TRUE，使结果的图;如果为FALSE，它没有。
参数：qpBoundaryOutput
output from a previous call to qpBoundary. This allows one to plot the result changing some of the plotting parameters without having to do the calculation again.
从以前的通话qpBoundary输出。这允许一个绘制一些绘图参数的改变，而无需再次做计算的结果。
参数：density.digits
number of digits in the reported graph densities.
在图密度位数。
参数：logscale.bdsize
logical; if TRUE then the scale for the maximum boundary size is logarithmic which is useful when working with more than 1000 variables; FALSE otherwise (default).
逻辑;规模最大边界大小如果为TRUE，然后是对数与1000多变量时这是有用的，否则返回FALSE（默认值）。
参数：titlebd
main title to be shown in the plot.
要显示主标题中的图。
参数：verbose
show progress on calculations.
显示在计算方面取得的进展。
Details
详情----------Details----------
The maximum boundary is calculated as the largest degree among all vertices of a given qp-graph.
作为一个给定的QP图的所有顶点之间最大程度的最大边界计算。
值----------Value----------
A list with the maximum boundary size and graph density as function of threshold, the threshold on the non-rejection rate that provides a maximum boundary size strictly smaller than the sample size N and the resulting maximum boundary size.
最大边界的大小和功能的阈值，对非废品率，提供了最大的边界大小比样本大小n和由此产生的最大边界尺寸较小严格的阈值图密度名单。
作者（S）----------Author(s)----------
R. Castelo and A. Roverato
参考文献----------References----------
Gaussian graphical model search from microarray data with p larger than n. J. Mach. Learn. Res., 7:2621-2650, 2006.
参见----------See Also----------
qpHTF qpGraphDensity
qpHTFqpGraphDensity
举例----------Examples----------
require(mvtnorm)
nVar <- 50 ## number of variables[＃变量]
maxCon <- 5 ## maximum connectivity per variable[＃最大连接每个变量]
nObs <- 30 ## number of observations to simulate[＃号观测到模拟]
set.seed(123)
A <- qpRndGraph(p=nVar, d=maxCon)
Sigma <- qpG2Sigma(A, rho=0.5)
X <- rmvnorm(nObs, sigma=as.matrix(Sigma))
## the higher the q the less complex the qp-graph[＃Q值越高，那么复杂的QP图]
nrr.estimates <- qpNrr(X, q=1, verbose=FALSE)
qpBoundary(nrr.estimates, plot=FALSE)
nrr.estimates <- qpNrr(X, q=5, verbose=FALSE)
qpBoundary(nrr.estimates, plot=FALSE)
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发表于 2012-2-26 11:38:44
