R语言 puma包 pumaNormalize()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pumaNormalize(puma)
pumaNormalize()所属R语言包：puma

                                        Normalize an ExpressionSet
                                         规范化1 ExpressionSet

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is used to apply a scaling normalization to set of arrays. This normalization can be at the array scale (thus giving all arrays the same mean or median), or at the probeset scale (thus giving all probesets the same mean or median).
这是用来申请缩放标准化，设置阵列。这标准化可以在阵列规模（从而使所有阵列相同的均值或中位数），或在probeset规模（从而使，所有probesets相同的均值或中位数）。

It is generally recommended that the default option (median array scaling) is used after running mmgmos and before running pumaComb and/or pumaDE. There are however, situations where this might not be the recommended, for example in time series experiments where it is expected than there will be general up-regulation or down-regulation in overall gene expression levels between time points.
它通常建议使用默认选项（中位数数组缩放）后运行mmgmos运行前pumaComb和/或pumaDE。然而，这未必情况的建议，例如在时间序列实验，预计会比一般的上调或时间点之间的整体基因表达水平下调。


用法----------Usage----------


pumaNormalize(
        eset
,        arrayScale = c("median", "none", "mean", "meanlog")
,        probesetScale = c("none", "mean", "median")
,        probesetNormalisation = NULL
,        replicates = list(1:dim(exprs(eset))[2])
)



参数----------Arguments----------

参数：eset
An object of class ExpressionSet.  
对象类ExpressionSet。


参数：arrayScale
A method of scale normalisation at the array level.  
在阵列级别上规模标准化的方法。


参数：probesetScale
A method of scale normalisation at the probe set level.  
在规模标准化的探针组水平的方法。


参数：probesetNormalisation
If not NULL normalises the expression levels to have zero mean and adjusts the variance of the gene expression according to the zero-centered normalisation.  
如果不为NULL normalises的表达水平，具有零均值和调节基因表达的差异，根据零为本标准化。


参数：replicates
List of integer vectors indicating which arrays are replicates.  
名单显示该阵列是重复的整数向量。


值----------Value----------

An object of class ExpressionSet holding the normalised data.
一个类的对象ExpressionSet规范化的数据。


作者（S）----------Author(s)----------


Richard D. Pearson



参见----------See Also----------

Methods mmgmos, pumaComb and pumaDE
方法mmgmos，pumaComb和pumaDE


举例----------Examples----------


        #        Next 4 lines commented out to save time in package checks, and saved version used[接下来的4行注释掉包检查，以节省时间，并保存版本使用]
    # if (require(affydata)) {[（要求（affydata））{]
        #        data(Dilution)[数据（稀释）]
        #        eset_mmgmos &lt;- mmgmos(Dilution)[< -  mmgmos eset_mmgmos（稀释）]
        # }[}]
        data(eset_mmgmos)
        apply(exprs(eset_mmgmos),2,median)
        eset_mmgmos_normd <- pumaNormalize(eset_mmgmos)
        apply(exprs(eset_mmgmos_normd),2,median)

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