R语言 puma包 pumaFull()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

pumaFull(puma)
pumaFull()所属R语言包：puma

                                        Perform a full PUMA analysis
                                         执行完整的彪马分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Full analysis including pumaPCA and mmgmos/pumaDE vs rma/limma comparison
全面分析包括pumaPCA和mmgmos / pumaDE与RMA / limma比较的


用法----------Usage----------


pumaFull (
        affybatch = NULL
,        data_dir = getwd()
,        load_affybatch = FALSE
,        calculate_eset = TRUE
,        calculate_pumaPCAs = TRUE
,        calculate_bcomb = TRUE
,        mmgmosComparisons = FALSE
)




参数----------Arguments----------

参数：affybatch
An object of class AffyBatch.  
对象类AffyBatch。


参数：data_dir
A character string specifying where data files are stored.  
一个字符串，指定数据文件存储。


参数：load_affybatch
Boolean. Load a pre-existing AffyBatch object? Note that this has to be named "affybatch.rda" and be in the data_dir directory.  
布尔值。装入一个预先的现有AffyBatch对象？请注意，这个被命名为“affybatch.rda”data_dir目录。


参数：calculate_eset
Boolean. Calculate ExpressionSet from affybatch object? If FALSE, files named "eset\_mmgmos.rda" and "eset\_rma.rda" must be available in the data\_dir directory.  
布尔值。计算ExpressionSetaffybatch对象？如果为FALSE，名为“ESET \ _mmgmos.rda”和“ESET \ _rma.rda”的文件必须是可用的data\_dir目录。


参数：calculate_pumaPCAs
Boolean. Calculate pumaPCA from eset\_mmgmos object? If FALSE, a file named "pumaPCA\_results.rda" must be available in the data\_dir directory.  
布尔值。计算pumaPCAeset\_mmgmos对象？如果为FALSE，一个名为“pumaPCA \ _results.rda”的文件必须是在data\_dir目录。


参数：calculate_bcomb
Boolean. Calculate pumaComb from eset\_mmgmos object? If FALSE, files named "eset\_comb.rda" and "eset\_normd\_comb.rda" must be available in the data\_dir directory.  
布尔值。计算pumaCombeset\_mmgmos对象？如果为FALSE，名为“ESET \ _comb.rda”和“ESET \ _normd \ _comb.rda”的文件必须是可用的data\_dir目录。


参数：mmgmosComparisons
Boolean. If TRUE, will compare mmgmos with default settings, with mmgmos used with background correction.  
布尔值。如果是TRUE，默认设置会比较mmgmos，使用mmgmos背景校正。


值----------Value----------

No return values. Various objects are saved as .rda files during the execution of this function, and various PDF files are created.
无返回值。各种对象都保存在执行此功能的作为。RDA的文件，并创建各种PDF文件。


作者（S）----------Author(s)----------


Richard D. Pearson



参见----------See Also----------

Related methods pumaDE, createDesignMatrix and createContrastMatrix
相关的方法pumaDE，createDesignMatrix和createContrastMatrix


举例----------Examples----------


##        Code commented out to ensure checks run quickly[＃代码注释掉，以确保检查快速运行]
#        if (require(affydata)) data(Dilution)[（要求（affydata））数据（稀释）]
#        pumaFull(Dilution)[pumaFull（稀释）]

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