pumaClustii(puma)
pumaClustii()所属R语言包：puma
Propagate probe-level uncertainty in robust t mixture clustering on replicated gene expression data
传播复制的基因表达数据的探针在强大的t混合聚类的不确定性
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function clusters gene expression by including uncertainties of gene expression measurements from probe-level analysis models and replicate information into a robust t mixture clustering model. The inputs are gene expression levels and the probe-level standard deviation associated with expression measurement for each gene on each chip. The outputs is the clustering results.
此功能聚类，包括基因表达测量探针水平分析模型，并复制成一个强大的t混合聚类分析模型信息的不确定性基因的表达。输入基因表达水平，并为每个芯片上的每个基因表达测量探针级标准偏差。输出聚类结果。
用法----------Usage----------
pumaClustii(e=NULL, se=NULL, efile=NULL, sefile=NULL,
subset=NULL, gsnorm=FALSE, mincls, maxcls, conds, reps, verbose=FALSE,
eps=1.0e-5, del0=0.01)
参数----------Arguments----------
参数：e
data frame containing the expression level for each gene on each chip.
数据框包含的每个芯片上的每个基因的表达水平。
参数：se
data frame containing the standard deviation of gene expression levels.
数据框包含的基因表达水平的标准偏差。
参数：efile
character, the name of the file which contains gene expression measurements.
字符，名称的文件，其中包含基因表达测量。
参数：sefile
character, the name of the file which contains the standard deviation of gene expression measurements.
字符，名称的文件，其中包含的基因表达测量标准偏差。
参数：subset
vector specifying the row number of genes which are clustered on.
指定行数的基因聚集的向量。
参数：gsnorm
logical specifying whether do global scaling normalisation or not.
逻辑指定是否做全球或不缩放标准化。
参数：mincls
integer, the minimum number of clusters.
整数，团簇的最低数量。
参数：maxcls
integer, the maximum number of clusters.
整数，聚类的最大数量。
参数：conds
integer, the number of conditions.
整数的一些条件。
参数：reps
vector, specifying which condition each column of the input data matrix belongs to.
向量，指定输入数据矩阵的每一列属于何种情况下。
参数：verbose
logical value. If 'TRUE' messages about the progress of the function is printed.
逻辑值。如果“TRUE”功能的进展的消息被打印出来。
参数：eps
numeric, optimisation parameter.
数字，优化参数。
参数：del0
numeric, optimisation parameter.
数字，优化参数。
Details
详情----------Details----------
The input data is specified either by e and se, or by efile and sefile.
输入数据被指定由E和硒，或通过电子文件和sefile。
值----------Value----------
The result is a list with components
结果是一个组件列表
cluster: vector, containing the membership of clusters for each gene; centers: matrix, the center of each cluster; centersigs: matrix, the center variance of each cluster; likelipergene: matrix, the likelihood of belonging to each cluster for each gene; optK: numeric, the optimal number of clusters. optF: numeric, the maximised value of target function.
聚类：向量，含有每个基因簇成员;中心：矩阵，每个聚类的中心; centersigs，每个聚类的中心方差矩阵; likelipergene：矩阵，属于每个聚类的每个基因的可能性; optK ：数字聚类的最佳数目。 optF：数字，最大化的目标函数值。
作者（S）----------Author(s)----------
Xuejun Liu
参考文献----------References----------
Including probe-level measurement error in robust mixture clustering of replicated microarray gene expression, technical report available upon request.
Propagating probe-level uncertainty in model-based gene expression clustering, BMC Bioinformatics, 8:98.
Affymetrix probe-level analysis across multiple chips, Bioinformatics, 21(18):3637-3644.
参见----------See Also----------
Related method mmgmos and pumaClust
相关方法mmgmos和pumaClust
举例----------Examples----------
data(Clustii.exampleE)
data(Clustii.exampleStd)
r<-vector(mode="integer",0)
for (i in c(1:20))
for (j in c(1:4))
r<-c(r,i)
cl<-pumaClustii(Clustii.exampleE,Clustii.exampleStd,mincls=6,maxcls=6,conds=20,reps=r,eps=1e-3)
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发表于 2012-2-26 11:36:10
