R语言 puma包 pplr()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

pplr(puma)
pplr()所属R语言包：puma

                                         Probability of positive log-ratio
                                         正数比的概率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

WARNING - this function is generally not expected to be used, but is intended as an internal function. It is included for backwards compatibility with the pplr package, but may be deprecated and then hidden in future. Users should generally use pumaDE instead.
警告 - 此功能一般预计不会被使用，但目的是作为一个内部函数。它包括与pplr包的向后兼容性，但可能会过时，然后隐藏在未来。用户通常应该使用pumaDE代替。

This function calculates the probability of positive log-ratio (PPLR) between any two specified conditions in the input data, mean and standard deviation of gene expression level for each condition.
此函数计算正数比率（PPLR）之间的任何两个指定的条件，在输入数据，平均和基因表达水平的标准偏差为每个条件的概率。


用法----------Usage----------


pplr(e, control, experiment, sorted=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：e
a data frame containing the mean and standard deviation of gene expression  levels for each condition.  
一个数据框包含的基因表达水平的均值和标准偏差为每个条件。


参数：control
an integer denoting the control condition.  
整数表示的控制条件。


参数：experiment
an integer denoting the experiment condition.  
整数表示的实验条件。


参数：sorted
Boolean. Should PPLR values be sorted by value? If FALSE, PPLR values are returned in same order as supplied.
布尔值。应PPLR值按值进行排序？如果为FALSE，PPLR值在提供相同的顺序返回。


Details

详情----------Details----------

The input of 'e' should be a data frame comprising of 2*n components, where n is  the number of conditions. The first 1,2,...,n components include the mean of gene expression  values for conditions 1,2,...,n, and the n+1, n+2,...,2*n components contain the standard deviation of  expression levels for condition 1,2,...,n.
输入E，应该是2 * n个组件，其中n是一些条件，包括一个数据框。第1,2，...，n部件包括基因表达值平均为条件1,2，...，N，N +1，N +2，...，2 * N个组件包含条件1,2的表达水平的标准偏差，...，N。


值----------Value----------

The return is a data frame. The description of the components are below.
返回的是一个数据框。组件的描述如下。


参数：index
The original row number of genes.
原来的行数的基因。


参数：cM
The mean expression levels under control condition.
控制条件下的平均表达水平。


参数：sM
The mean expression levels under experiment condition.
实验条件下的平均表达水平。


参数：cStd
The standard deviation of gene expression levels under control condition.
控制条件下的基因表达水平的标准偏差。


参数：sStd
The standard deviation of gene expression levels under experiment condition.
实验条件下的基因表达水平的标准偏差。


参数：LRM
The mean log-ratio between control and experiment genes.
平均比对照组和实验的基因之间的log。


参数：LRStd
The standard deviation of log-ratio between control and experiment genes.
数比对照组和实验的基因之间的标准偏差。


参数：stat
A statistic value which is -mean/(sqrt(2)*standard deviation).
一个统计值，这意味着/（SQRT（2）*标准偏差）。


参数：PPLR
Probability of positive log-ratio.
概率正数的比例。


作者（S）----------Author(s)----------


Xuejun Liu, Marta Milo, Neil D. Lawrence, Magnus Rattray



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

Related methods pumaDE, bcomb and hcomb
相关的方法pumaDE，bcomb和hcomb


举例----------Examples----------


  data(exampleE)
  data(exampleStd)
  r<-bcomb(exampleE,exampleStd,replicates=c(1,1,1,2,2,2),method="map")
  p<-pplr(r,1,2)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。