hcomb(puma)
hcomb()所属R语言包：puma
Combining replicates for each condition with the true gene expression
结合复制与每个条件的真正的基因表达
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function calculates the combined (from replicates) signal for each condition using Bayesian models, which are added a hidden variable to represent the true expression for each gene on each chips. The inputs are gene expression levels and the probe-level standard deviations associated with expression measurements for each gene on each chip. The outputs include gene expression levels and standard deviation for each condition.
此函数计算每个使用贝叶斯模型的条件下，添加一个隐藏的变量，每个芯片的每个基因代表真实表达合并（复制）的信号。输入基因表达水平和每个芯片上的每个基因表达测量探针级标准偏差。输出包括基因表达水平，并为每个条件的标准偏差。
用法----------Usage----------
hcomb(e, se, replicates, max_num=c(200,500,1000),gsnorm=FALSE, eps=1.0e-6)
参数----------Arguments----------
参数：e
a data frame containing the expression level for each gene on each chip.
一个数据框包含的每个芯片上的每个基因的表达水平。
参数：se
a data frame containing the standard deviation of gene expression levels.
一个数据框包含的基因表达水平的标准偏差。
参数：replicates
a vector indicating which chip belongs to which condition.
向量表示该芯片属于哪种条件。
参数：max_num
integer. The maximum number of iterations controls the convergence.
整数。最大迭代次数控制的收敛性。
参数：gsnorm
logical specifying whether do global scaling normalisation or not.
逻辑指定是否做全球或不缩放标准化。
参数：eps
a numeric, optimisation parameter.
一个数字，优化参数。
Details
详情----------Details----------
Each element in replicate represents the condition of the chip which is in the same column order as in the expression and standard deviation matrix files.
在复制的每个元素代表的芯片，这是在相同的列顺序中的表达和标准偏差矩阵文件的条件。
The max\_num is used to control the maximum number of the iterations in the EM algorithm. The best value of the max\_num is from 200 to 1000, and should be set 200 at least. The default value is 200.
最大\ _num是用来控制迭代的EM算法的最大数量。的最好的价值最大\ _num的是从200到1000，并应设置至少200。默认值是200。
值----------Value----------
The result is a data frame with components named 'M1', 'M2', and so on, which represent the mean expression values for condition 1, condition 2, and so on. It also has components named 'Std1', 'Std2', and so on, which represent the standard deviation of the gene expression values for condition 1, condtion 2, and so on.
结果是一个名为“M1，M2的”，等等，代表的条件1，条件2的平均表达值，等组件的数据框。它也有组件名为STD1，STD2“，等等，代表的条件1，condtion 2的基因表达值的标准偏差，等等。
作者（S）----------Author(s)----------
Li Zhang, Xuejun Liu
参考文献----------References----------
gene expression, Bioinformatics, 22(17):2107-13.
参见----------See Also----------
Related method pumaCombImproved, mmgmos and pplr
此方法pumaCombImproved，mmgmos和pplr
举例----------Examples----------
data(exampleE)
data(exampleStd)
r<-hcomb(exampleE,exampleStd,replicates=c(1,1,1,2,2,2))
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发表于 2012-2-26 11:33:57
