R语言 PROMISE包 promise.genestat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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promise.genestat(PROMISE)
promise.genestat()所属R语言包：PROMISE

                                         Function to Calculate PROMISE Statistics
                                         函数来计算一诺千金统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

a function to calculate individual gene and PROMISE statistics for a defined pattern of association
一个函数来计算的协会定义的模式，个人的基因，并承诺统计


用法----------Usage----------


promise.genestat(Y, ph.data, ph.pattern, strat = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：Y
a data frame with row corresponding to probe set and column corresponding to subjects, the order of column should match order of row in ph.data.  
与行相应的探针组和列相应科目的数据框，列顺序应符合ph.data行顺序。


参数：ph.data
a data frame with rows corresponding to subjects and columns  corresponding to endpoint variables.  
端点变量对应的科目和列与行相应的数据框。


参数：ph.pattern
a data frame with column headers: stat.coef, stat.func, endpt.vars. The stat.coeff column gives  the coefficients for combining the statistics of association of genomic variable with individual endpoint  variable into the ultimate PROMISE statistic. The stat.func column gives the name of the R routine that  computes the test statistic of association of the end point variables. jung.rstat and spearman.rstat are provided. Users can provide their own routines accordingly.  The endpt.vars column gives the name(s) of variable(s) in   ph.data needed to compute each term of the PROMISE statistic. A comma without a space should be used  to separate multiple variables that correspond to the same term in the association pattern definition.         
与列标题的数据框：stat.coef，stat.func，endpt.vars。 stat.coeff列给出了组合成最终的承诺统计关联的基因组与个别端点变量变量统计系数。 stat.func列给出的R常规计算终点变量测试协会统计的名称。提供jung.rstat和spearman.rstat。用户可以提供自己的例程。 endpt.vars列给在ph.data需要计算每一个术语的承诺统计变量（S）（S）的名称。应使用一个逗号没有空格分隔多个变量对应的协会模式的定义相同期限。


参数：strat
a vector of stratum to calculate stratified statistics. The default is NULL.  
向量计算的地层分层统计。默认值为NULL。


值----------Value----------

a matrix of statistics. Each row gives gene's statistics of each individual endpoint and the PROMISE analysis defined in ph.pattern.
统计矩阵。每一行给出基因的统计，每一个人的端点和承诺在ph.pattern定义的分析。


注意----------Note----------

a function internally called by PROMISE.
函数内部调用一诺千金。


作者（S）----------Author(s)----------



Stan Pounds <a href="mailto:stanley.pounds@stjude.org">stanley.pounds@stjude.org</a>; Xueyuan Cao <a href="mailto:xueyuan.cao@stjude.org">xueyuan.cao@stjude.org</a>




参考文献----------References----------

PROMISE: a tool to identify genomic features with a specific biologically interesting pattern of associations  with multiple endpoint variables. Bioinformatics 25: 2013-2019

参见----------See Also----------

PROMISE
PROMISE


举例----------Examples----------


## load sampExprSet, phPatt.[＃加载sampExprSet，phPatt。]
data(sampExprSet)
data(phPatt)

Y <- exprs(sampExprSet)
ph.data <- pData(phenoData(sampExprSet))

test <- promise.genestat(Y, ph.data, phPatt, strat=ph.data[, 5])

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