R语言 PROMISE包 avg.abs.genestat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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avg.abs.genestat(PROMISE)
avg.abs.genestat()所属R语言包：PROMISE

                                         Function to Compute Gene Set Statistics
                                         函数来计算基因组统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to calculate the mean of absolute values of statistics based on a gene set definition
一个函数来计算平均绝对值统计，基于基因组定义


用法----------Usage----------


avg.abs.genestat(gene.res, probes, GS.data)



参数----------Arguments----------

参数：gene.res
a data frame. Each row gives test statistics for a genomic variable. Each column corresponds to an endpoint variable.  
一个数据框。每一行给出了一个基因组的变量检验统计量。每一列对应一个端点变量。


参数：probes
a vector that links the gene.res to GS.data.           
矢量，连接gene.res到GS.data。


参数：GS.data
a data frame with first column for probe set identifier and second column for gene set identifier.  Each row assigns a probe set to a gene set. Each probe set may be assigned to multiple gene sets or no gene set at all.  
与探针组基因组标识符标识符和第二列的第一列的数据框。每一行分配一个基因组的探针集。每个探针组可以分配给多个基因组或没有在所有的基因组。


值----------Value----------

Return a matrix of statistics. Each row gives the mean absolute value of test statistics of genes belonging to a gene set.  The columns are same as in gene.res.
返回统计基质。每一行给出的平均绝对值属于一个基因组的基因测试统计。列在gene.res。


注意----------Note----------

A function internally called by PROMISE.
函数内部调用一诺千金。


作者（S）----------Author(s)----------



Stan Pounds <a href="mailto:stanley.pounds@stjude.org">stanley.pounds@stjude.org</a>; Xueyuan Cao <a href="mailto:xueyuan.cao@stjude.org">xueyuan.cao@stjude.org</a>




参考文献----------References----------

Bioinformatics  23: 980-987.

参见----------See Also----------

PROMISE
PROMISE


举例----------Examples----------



## load sampExprSet sampGeneSet.[＃加载sampExprSet sampGeneSet。]
data(sampExprSet)
data(sampGeneSet)

## extract expression matrix from sampExprSet[＃提取从sampExprSet表达矩阵]
Y <- exprs(sampExprSet)
probes <- rownames(Y)

## convert sampGeneSet to a data frame[＃转换sampGeneSet的数据框]
GS.data <- NULL
for (i in 1:length(sampGeneSet)){
    tt <- sampGeneSet[i][[1]]
    this.name <- unlist(geneIds(tt))
    this.set <- setName(tt)
    GS.data <- rbind.data.frame(GS.data,
                cbind.data.frame(featureID=as.character(this.name),
                                 setID=rep(as.character(this.set),
                                 length(this.name))))
}

## Calculate the mean of absolute values of statistics[＃计算平均绝对值统计]
## This is only a demo, probe expression values are used [＃这仅仅是一个演示，使用探针表达值]
##in stead of statistics [＃代替统计]
test <- avg.abs.genestat(Y, probes, GS.data)

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