R语言 preprocessCore包 normalize.quantiles.target()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalize.quantiles.target(preprocessCore)
normalize.quantiles.target()所属R语言包：preprocessCore

                                        Quantile Normalization using a specified target distribution vector
                                         使用指定的目标分配向量位数标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Using a normalization based upon quantiles, these function normalizes the columns of a matrix based upon a specified normalization distribution
这些功能使用后位数为基础的标准化，规范化的一个矩阵的列根据指定标准化分布


用法----------Usage----------


  normalize.quantiles.use.target(x,target,copy=TRUE,subset=NULL)
  normalize.quantiles.determine.target(x,target.length=NULL,subset=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：x
A matrix of intensities where each column corresponds to a chip and each row is a probe.
芯片和每行每列对应的强度矩阵是一个探针。


参数：copy
Make a copy of matrix before normalizing. Usually safer to work with a copy
请之前标准化矩阵的副本。一般安全工作副本


参数：target
A vector containing datapoints from the distribution to be normalized to
包含从数据点分布，被归到一个向量


参数：target.length
number of datapoints to return in target distribution vector. If NULL then this will be taken to be equal to the number of rows in the matrix.  
在目标分布矢量数据点的数量，返回。如果NULL那么这将是相等的矩阵中的行数。


参数：subset
A logical variable indexing whether corresponding row should be used in reference distribution determination
逻辑变量索引相应的行是否应参考分布的测定


Details

详情----------Details----------

This method is based upon the concept of a quantile-quantile plot extended to n dimensions. No special allowances are made for outliers. If you make use of quantile normalization either through rma or expresso please cite Bolstad et al, Bioinformatics (2003).
此方法是根据n维扩展到1位数位数图的概念。无特殊津贴离群。如果您通过rma或expresso位数标准化使用请举出Bolstad，生物信息学等（2003）。

These functions will handle missing data (ie NA values), based on the assumption that the data is missing at random.
这些功能将处理丢失的数据假设数据是随机缺失的基础上（即无值）。


值----------Value----------

From normalize.quantiles.use.target a normalized matrix.
从normalize.quantiles.use.target归一matrix。


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad, <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data. Unpublished manuscript http://bmbolstad.com/stuff/qnorm.pdf
A Comparison of Normalization Methods for High Density Oligonucleotide Array Data Based on Bias and Variance. Bioinformatics 19(2) ,pp 185-193. http://bmbolstad.com/misc/normalize/normalize.html

参见----------See Also----------

normalize
normalize

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