R语言 PREDA包 StatisticsForPREDAFromfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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StatisticsForPREDAFromfile(PREDA)
StatisticsForPREDAFromfile()所属R语言包：PREDA

                                         Function to create a StatisticsForPREDA objet from a txt file
                                         函数来创建一个txt文件1 StatisticsForPREDA OBJET

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to create a StatisticsForPREDA objet from a txt file
函数来创建一个txt文件1 StatisticsForPREDA OBJET


用法----------Usage----------


StatisticsForPREDAFromfile(file, ids_column = NULL,
statistic_columns = NULL, analysesNames = NULL, testedTail =
c("upper", "lower", "both"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：file
Path to the input txt file containing statistics on genomics data  
路径输入txt文件，其中包含的基因组数据的统计


参数：ids_column
Specify the column from the input txt file with gene (or other genomic features) ids. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  
指定TXT基因（或其他基因的功能）IDS从输入文件列。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。


参数：statistic_columns
Specify the column (or columns) from the input txt file with gsta.enomic data statistics that will be included in the statisticsForPREDA object. Can be specified using column index (numeric) or column name (character).  If NULL (default), all columns excluding ids_column will be considered as input statistics  
输入TXT文件，将被列入在statisticsForPREDA对象与gsta.enomic数据统计，从指定的列（或列）。可以指定使用列索引（数字）或列名（字符）。如果为NULL（默认），不含ids_column所有列将被视为输入统计


参数：analysesNames
Names (labels) to be associated to each input statistic. If NULL the column names for statistics_columns will be used.  
名称（标签）被关联到每个输入统计。如果为NULL为statistics_columns列名称将被使用。


参数：testedTail
Specify what tail of the distribution will be tested for significantly extreme values in PREDA analysis. Possible values are "both", "upper" or "lower".  
指定将普雷达分析测试显着极端值分布的尾部。可能的值是“既”，“上”或“低”。


参数：...
any other parameter for read.table function that could be useful for parsing the input file, such as "sep", "quote", "header", "na.strings" and other parameters.  
任何其他read.table功能参数解析输入文件，如“九月”，“引用”，“头”，“na.strings”和其他参数，这可能是有用的。


Details

详情----------Details----------

A txt file is parsed and a statisticsForPREDA object is built using contained data.
一个TXT文件解析和1 statisticsForPREDA对象是使用中包含的数据。


值----------Value----------

A statisticsForPREDA object
一个statisticsForPREDA对象


作者（S）----------Author(s)----------



Francesco Ferrari




参见----------See Also----------

StatisticsForPREDA
StatisticsForPREDA


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
require(PREDAsampledata)

CNdataPath <- system.file("sampledata", "CopyNumber", package =
"PREDAsampledata")

CNdataFile <- file.path(CNdataPath , "CNAG_data_PREDA.txt")

CNannotationFile <- file.path(CNdataPath , "SNPAnnot100k.csv")

CNStatisticsForPREDA<-StatisticsForPREDAFromfile(file=CNdataFile,
ids_column="AffymetrixSNPsID", testedTail="both", sep="\t",
header=TRUE)

  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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