R语言 PREDA包 PREDAResults2GenomicRegions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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PREDAResults2GenomicRegions(PREDA)
PREDAResults2GenomicRegions()所属R语言包：PREDA

                                         identify significant genomic regions from a PREDAResults object
                                         确定显着的基因组区域从PREDAResults对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

identify significant genomic regions from a PREDAResults object
确定显着的基因组区域从PREDAResults对象


用法----------Usage----------


# PREDAResults2GenomicRegions(.Object, qval.threshold=0.05,
# use.referencePositions=TRUE, smoothStatistic.tail=NULL,
# smoothStatistic.threshold=NULL)

PREDAResults2GenomicRegions(.Object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：.Object
Object of class PREDAResults or PREDADataAndResults  
对象类PREDAResults或PREDADataAndResults


参数：...
See below     
见下文

qval.threshold: q-value threshold used to identify significant genomic regions   
qval.threshold：Q值阈值用于识别显着的基因组区域

use.referencePositions: Logical, if TRUE the input reference positions used for PREDA analysis wil be used to identify significant genomic regions boundaries as well.   
use.referencePositions：逻辑，如果真正用于普雷达分析WIL输入参考位置被用来确定以及显著的基因组区域的边界。

smoothStatistic.tail: Possible values are "upper" or "lower". This parameter specify if only one tail of the smoothed statististic distribution must be considered. If it is NULL, both tails are used and smoothStatistic.threshold is ignored.   
smoothStatistic.tail：可能的值是“上”或“低”。此参数指定必须考虑，如果只有一个平滑statististic分布的尾部。如果它是空的，两个尾巴的使用和被忽略smoothStatistic.threshold。

smoothStatistic.threshold: Threshold on smoothStatistic values to select significant genomic regions.      
smoothStatistic.threshold阈值：上smoothStatistic值的选择显着的基因组区域。


Details

详情----------Details----------

A list og genomic regions objects is returned: one GenomicRegions object for each analysis in the input PREDAresults.
列表OG的基因组区域对象返回：分析每个输入PREDAresults的GenomicRegions对象。

A NULL element is included in the output list whenever no siginifcant regions are identified.
null元素被包含在输出列表时没有siginifcant区域确定。


值----------Value----------

A list of genomic regions objects
基因组区域对象名单


作者（S）----------Author(s)----------



Francesco Ferrari




举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
require(PREDAsampledata)

data(GEanalysisResults)

genomic_regions_UP<-PREDAResults2GenomicRegions(GEanalysisResults
, qval.threshold=0.05, smoothStatistic.tail="upper",
smoothStatistic.threshold=0.5)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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